Suite à un coup de téléphone alarmant, Chloé Matthieu apprend d'une inconnue que son fils est victime de maltraitances. Inquiète, elle convient d'un rendez-vous avec son interlocutrice. Là, elle tombe nez à nez avec maître Gladys Dupré. Mais c'est droit dans un piège que les deux femmes ont foncé tête baissée. Quel est le but de cette machination ? Toute la P.J. St Martin monte au créneau pour défendre Chloé. Quant aux membres du cabinet Zelder, ils sortent bec et ongles pour tirer leur consoeur de ce guêpier...

Antoine Rouche est retrouvé inconscient chez lui dans un état déplorable. Il déclare à Agathe et Rayann que sa femme a tenté de l'empoisonner mais les médecins diagnostiquent une simple gastro-entérite. Lors d'un banal contrôle, une patrouille immobilise le véhicule de Marc, un jeune homme de 25 ans, pour défaut de présentation de papiers et appelle le commandant Lukas en renfort. Quelques minutes plus tard, une femme pénètre dans le commissariat paniquée : elle vient de se faire voler sa voiture.

Un employé de la voirie vient de signaler aux policiers qu'une jeune femme est assise dans sa voiture avec une arme de guerre sur le siège passager. Lorsque Bernard et Agathe interviennent, la jeune fille, Pauline, réagit violemment... Maurice Courcel, chef du restaurant Le Bistrot du canal, fête sa retraite avec tous ses collègues. Mais lors du pot de départ, les mille euros qui avaient été réunis par l'équipe disparaissent mystérieusement. En enquêtant, Nadine et Rayann découvrent que le voleur ne peut pas venir de l'extérieur... Lukas est appelé à témoigner à la cour d'assises sur l'affaire qui avait fait de lui un "héros" médiatique et qui avait entraîné son divorce.

A la nouvelle soupe populaire, France Solidarité, deux SDF semblent avoir été victimes d'un empoisonnement. Chloé et Lukas sont chargés de l'affaire. L'association, tenue par Véronique Michelet et quelques bénévoles dont Loïc Bertillon, serait coupable de discrimination raciale. Bien qu'elle s'en défend, Chloé trouve là l'occasion de tenir des propos franchement racistes. Son couple avec Tony bat de l'aile. Stéphanie Chatel, 22 ans, est victime d'une violente agression. Menant l'enquête, Bernard et Rayann découvrent que la jeune femme fréquente une organisation écologique aux pratiques douteuses. De son côté, Bernard ne supporte pas de voir Rayann exercer un tel pouvoir sur Nadine. Selon lui, elle est en train de perdre sa personnalité.

Nouvellement engagée à la PJ, le Capitaine Juliette Antoine suscite immédiatement la méfiance de l'équipe. Trop zélée pour être honnête, la jeune femme, ex-chef adjoint de la Crim', semble cacher quelque chose. Agathe, qui tente de masquer l'inquiétude provoquée par son nouveau rôle de mère, est finalement la seule à vouloir laisser sa chance à Juliette. Mais, sceptique, Meurteaux lui demande d'accompagner la nouvelle recrue dans sa première mission : l'arrestation d'un pickpocket. Lors de l'audition, les méthodes de la jeune femme s'avèrent plus que douteuses... Un jeune de 14 ans, Kevin Charentin, vient voir Lukas au sujet d'une agression, sur laquelle ce dernier enquête : le père de Kevin est en prison depuis trois ans, pour une affaire similaire. Persuadé de son innocence, le garçon demande à Lukas de rouvrir le dossier. Un mégot de cigarette, trouvé chez la première victime, va permettre d'établir le lien entre les deux affaires...

Le Jenny's bar est incendié. Mylène, une ex-prostituée de 60 ans qui était occasionnellement une indic de Léonetti, est très sérieusement brûlée. Rayann, qui se trouve sur les lieux, tente de lui venir en aide. Aidé de Bernard, il va découvrir l'existence d'un réseau organisé par un ancien flic municipal, André Gérard, reconverti dans la gérance de salles de combat. Un handicapé moteur, monsieur Ambert, a été victime d'une tentative de meurtre par hypothermie. La cuve de sa chaudière a en effet été entièrement vidée. Agathe et Nadine sont chargées de l'enquête. L'acidité d'Agathe trahit de plus en plus sa jalousie à l'égard de Nadine et de sa relation avec Rayann.

Théo, 7 ans, a disparu. Ses parents, Isabelle et Kinetete, sont séparés et s'accusent mutuellement de l'enlèvement. Chloé et Maxime font équipe. Ils ne tardent pas à découvrir l'existence d'un deuxième homme, Dartois, qui prétend être le véritable père de Théo... Ce qui est confirmé par Isabelle, à la surprise générale. Tous ont un mobile, mais lequel d'entre eux a commis l'enlèvement ? Valérie Bellini est soupçonnée par sa famille d'être dépendante d'une secte. Ses parents ayant demandé son émancipation, malgré sa minorité, ne sont plus en mesure d'intervenir. Ils demandent l'aide de la PJ. Criblée de dettes et sur le départ pour un séminaire «thérapeutique», la jeune fille serait victime du «gourou» Pascal Prou. Ce dernier se défend, prétendant uniquement faire de l'accompagnement psychologique. Menant l'enquête, Rayann et Agathe vont avoir des doutes sur la culpabilité de Prou. Ils découvriront que les problèmes de Valérie ont peut-être une autre origine

A la suite d'un deal qui vire à la fusillade, un lycéen est tué et un policier blessé. Identifiant le malfrat sous les traits de Kevin Renaud, Léonetti est sous le choc : il reconnaît l'homme qu'il a fait tomber pour vol à main armée la semaine passée. Malgré les remontrances de son collègue Rayann et de son chef Meurteaux qui lui intiment l'ordre de laisser l'affaire au commissaire Motard des stups, Léonetti mène sa propre enquête. Chloé et Nadine sont sur la piste d'un «arnaqueur» qui s'est fait repéré en accumulant les petites combines de recel. Elles identifient et interpellent Michel Rosetti, récemment sorti de prison. L'homme souhaitait s'acquitter d'une dette qu'il avait contractée auprès d'un caïd en prison. Depuis le braquage de Colombes, le commandant Lukas semble avoir perdu de son mordant. Ses hommes lui reprochent son manque «d'initiatives»

Enquêtant sur une affaire de viol, Agathe et Lukas essaient de démêler le vrai du faux. Valérie, une belle jeune femme, accuse Satis d'avoir abusé d'elle en l'obligeant à visionner une vidéo zoophile. Alors qu'ils perquisitionnent l'appartement de Satis, resté en garde-à-vue, pour mettre la main sur la vidéo compromettante, les deux policiers surprennent Valérie revenue chercher de la dope cachée dans la baignoire. Un adolescent de bonne famille, Jules, est interpellé par Rayann et Chloé : pour empêcher qu'on lui vole son scooter, il a frappé son agresseur avec son casque et l'a salement amoché. Un autre garçon, Salem, était sur les lieux de l'altercation : il a pris la fuite quand il a vu les flics. Chloé le soupçonne de ne pas être tout blanc dans cette histoire

Une femme, Louise Capalini, a été agressée par balle dans la rue au petit matin. Blessée à l'épaule mais hors de danger, elle est interrogée par Chloé et Lukas. Elle déclare qu'un individu balafré a tenté de lui voler son sac, et par dépit, lui a tiré dessus avant de prendre la fuite. Lorsqu'ils découvrent que Louise sortait ce matin-là de chez son amant, ils soupçonnent l'agression passionnelle...

Agathe se rend sur les lieux d'une possible séquestration. En effet, sur le témoignage d'un voisin qui assure avoir entendu des gémissements, elle s'avise d'une cave humide où repose un vieux matelas empestant le chloroforme. Mais l'hypothétique victime a disparu. Chloé et Lukas enquêtent sur une affaire de viol subi par une très belle trentenaire Clémentine Berty. Pour ne pas leur faciliter la tâche, le bourreau a pris toutes ses précautions : cagoule, gants et préservatifs. Menant l'enquête, ils découvrent que la victime et son mari fréquentaient un club privé échangiste.

Un vide-grenier a été organisé devant le commissariat, question de communication. Cyrille Merlot, un employé d'une fabrique de vêtements pour l'armée, a été grièvement blessé lors d'une explosion survenue dans l'entreprise. On retrouve des débris de grenade. Le patron, Norbert Céjak, fuit visiblement la police, qui découvre des lettres de menaces anonymes dans un de ses dossiers. De son côté, Bernard Léonetti doit s'occuper d'une certaine Sylvie Dumont qui accuse un brocanteur de recel de la montre de son grand-père, volée il y a quelques mois. Pendant ce temps, Valérie Perrache en cavale se rend chez Maxime Lukas, lequel profite rapidement de ses charmes, avant de la livrer à ses collègues policiers.

On signale à Agathe un étrange cambriolage par effraction dans un grand appartement parisien. L'objet du vol : une tablette de chocolat. Sur place, elle interpelle un homme qui s'est échappé par la fenêtre du troisième étage, témoignant par là des dispositions physiques d'un acrobate aguerri. Une jeune femme, Annabelle Brun, se suicide peu de temps après avoir porté plainte pour viol contre Diego Lourson. Bernard interpelle le suspect mais il manque de preuves pour l'inculper. Il ne tarde pas à recevoir une autre plainte formulée par Agnès Blondel, qui semble avoir subi les mêmes sévices qu'Annabelle, étayant ainsi l'hypothèse d'un violeur en série. Tandis que Bernard apprend le suicide de la greffière liée à l'affaire Langevin, Simone accepte mal qu'Agathe reprenne sur Vincent ses prérogatives de «vraie maman»...