D'où viennent les Pokémon ? Pourquoi évoluent-ils ? D'où proviennent les œufs à la pension ? Pourquoi certains monstres comme Alakazam, Judokrak ou Bacabouh possèdent-ils des objets ? Pourquoi Kangourex nait-il forcément avec un bébé ? Arceus est-il à l'origine de leur étrange existence, ou un autre légendaire tire-t-il les ficelles de la vie sur Terre ? Dans la lointaine région de Rhode, la plupart des Pokémon ont disparu. Dans les ruines de Pyrite, les derniers habitants tentent de survivre au cœur de ce monde oublié. De retour après trois jours de chasse, Mike, le chercheur de la bande, ne revient finalement pas avec une carcasse mais avec un bébé Kangourex qu'il interdit à quiconque de manger...

Qui sont les Spectres ? Si l'on analyse les descriptions de Pokémon comme Spiritomb, Momartik ou Zorua de Hisui, on pourrait s'empresser de conclure qu'ils sont tous des fantômes d'anciennes formes de vie. Mais est-ce réellement le cas ? À Kanto, rien ne nous indique que Fantominus, Spectrum et Ectoplasma en sont véritablement. Pire, pour Mimiki, Archéduc ou Hoopa, rien ne semble justifier ce mystérieux type. Tentons alors de lever le voile sur ces étranges créatures : et si, depuis le début, tous les Pokémon Spectres étaient liés à Giratina... ? Alors que la bande se remet de la soirée de la veille, Igor revient de sa chasse avec un Tissu Fauche. Confiant à Mike qu'il l'a trouvé en poursuivant un Motisma dans un ancien village abandonné, ce dernier décide de s'y rendre afin de percer le mystère des Spectres...

L'Extinction des Pokémon Dragons Pourquoi les Dragons sont-ils si rares ? Que ce soit Dracolosse, Drattack, Carchacrok, Trioxhydre, Muplodocus, Ekaiser, Lanssorien ou Glaivodo, leurs apparitions demeurent des exceptions spectaculaires dans le parcours d'un dresseur. Afin de tenter de résoudre ce mystère, nous allons partir à Galar où se trouve le fossile d'un mystérieux dragon inconnu, puis nous allons nous rendre à Unys afin de lever le voile sur le dragon à l'origine de Reshiram et Zekrom, pour terminer notre voyage à l'âge des dragons où l'étrange Regidrago fut édifié. Le secret des dragons se cacherait-il en fait dans son énergie cristallisée? Jane et Willy reviennent du désert avec une ancienne dent de dragon. Conscient que dans quelques heures, les gars annonceront le grand départ de Pyrite, Mike se lance dans une ultime expédition afin se comprendre pour la vie disparait du désert...

Alors que la bande vide les dernières bouteilles avant de quitter la région, Drew débarque dans le saloon, apeuré : un vaisseau alien vient de se crasher dans le désert ! John et Igor s'y rendent immédiatement afin de nourrir la bande mais Mike, lui, décide d'étudier la question extraterrestre...

Parmi les centaines d'espèces Pokémon connues, certaines ne doivent pas leur existence à Arceus. Tandis que des monstres comme Kaorine, Magearna et Golemastoc semblent avoir été façonnés par nos ancêtres en des temps reculés, Porygon ou Lugia Obscur ont été conçus très récemment. Mais dans quel but ? Et si derrière leur création se cachaient de sombres secrets ? Y a-t-il un lien entre Porygon et Sylvallié, entre Morphéo et Deoxys, voire entre Genesect et Kabutops ? C'est à Kanto, dans un laboratoire maudit qui éveille les soupçons des chercheurs quant aux liens entre Mew, Metamorph et Grotadmorv, que le destin maudit des Pokémon artificiels pourrait révéler l'emplacement des Kangourex... Après la mort de frère Noah, la bande décide de lui préparer des funérailles. De son côté, Mike profite de cette dernière journée à Rhode pour se rendre au canyon Lekro, ancien repaire de la Team Snatch, afin d'élucider une bonne fois pour toute la disparition des Pokémon de la région.