Alors que Napoléon est revenu pour 100 jours à la tête de la France, de faux billets circulent en masse à Paris. Manque de chance pour lui, l'Alchimiste est accusé d'être le responsable de cette circulation et est condamné à mort. Vidocq et sa brigade mettent donc tout en oeuvre pour le faire évader et découvrir qui se cache derrière l'émission de fausse monnaie. Hélas, celui-ci, étant presque sûr de découvrir la formule de la pierre philosophale, se concentre sur son travail. Il ne reste plus alors à Vidocq qu'à s'allier à la pègre Parisienne pour découvrir les fautifs de ce trafic : la plaque d'impression de la Banque de France a été remplacée par une fausse ! Fouché confie alors à Vidocq et à son nouvel agent, la baronne de Saint-Gely, le soin d'aller chercher la véritable plaque chez les Chouans. Mais, Roxane est-elle enfin devenue honnête ?

Alors qu'il doit faire face à sa plus grande bataille, Napoléon est menacé par un complot visant à l'assassiner. Fouché charge le chef de la Sûreté d'empêcher l'attentat et de découvrir qui sont les responsables. Pour ce faire, Vidocq engage le sosie de Napoléon afin de servir de cible. Se baladant anonymement mais non discrètement dans le sillage de l'Empereur, il espère attiré à lui les conjurés. Mais le faux Napoléon est enlevé...

lors que le camps royaliste ne fait plus confiance en Fouché, celui-ci, encore ministre de la Police, charge Vidocq de ramener les bijoux du Roi en France. Arrivé en Belgique en compagnie du marquis de Modène, celui-ci est éconduit sans ménagements par l'entourage du Roi. Manquant de peu d'être arrêté, les 2 hommes se réfugient chez la baronne de Saint-Gely, qui les aide à s'enfuir. Jugeant cela louche, Vidocq décide de jouer son va-tout : voler les bijoux du Roi pour les ramener en France. S'il réussit, la Sûreté ne sera pas dissoute, mais s'il échoue...

Un complot royaliste, téléguidé par la baronne, désire remplacer le Roi par son frère. Prévenu de manière anonyme, Vidocq, qui a vu son autorité remise en cause par le nouveau régime, est éconduit par le nouveau chef de la Sûreté : Flambart ! Enquêtant (encore) pour son compte, il découvre rapidement qui sont les membres du complot, mais est capturé, ainsi que Desfossés, par la Baronne. Ses compagnons mettent alors sur ses indications un plan de bataille, dont la pièce centrale est un certain Bastien, guérisseur de son état qui reçoit les visites nocturnes de l'Archange Gabriel. Hélas, peu à près leur évasion, Vidocq et Desfossés sont arrêtés par l'Occupant autrichien qui décide de les fusiller avec le reste de la brigade...

Un ancien bagnard croit reconnaître en la présence d'un colonel de l'armée un ancien compagnon de bagne. Immédiatement après avoir prévenu la Sûreté, il est écrasé par un fiacre, convaincant Vidocq de la véracité de ses dires. Son enquête le conduit alors à reprendre ses activités "malhonnêtes" pour s'intégrer au réseau du Colonel : ce dernier organise des cambriolages chez les personnalités du Royaume pour dérober objets et documents. Ceux-ci sont récupérés par des espions anglais. Lors d'une tentative de cambriolage, Vidocq et Flambart sont arrêtés par la police...

De retour à Paris, la baronne de Saint-Gely a développé un service politique particulier : l'arrestation des opposants bonapartistes. Pour ce faire, elle a créé une confrérie secrète qui a pour but d'installer sur le trône de France, le Roi de Rome ! En parallèle, on charge Vidocq de réduire le nombre de duels qui ont considérablement augmenté sur la capitale. Alors, lorsque le mari d'une vieille amie doit laver son honneur au cours d'un d'entre eux, le chef de la Sûreté décide d'enquêter et de l'empêcher de se faire tuer.

La société des Vigilants exige de ses membres un retour à l'ordre moral. Sous leur influence, Vidocq démissionne de la Police pour fonder, avec les membres de sa brigade, une papeterie. Sa réussite attire malheureusement l'ire des habitants voisins, suspectant la présence d'anciens bagnards de tous les maux. Alors que la foule en colère est manipulée par la baronne, Flambart vient demander de l'aide à son ancien chef : il n'arrive pas à comprendre les raisons d'une effraction spectaculaire sans vol chez un notaire. La situation se complique lorsque le cadavre d'un membre de l'étude notariale est retrouvé à proximité de la fabrique de Vidocq...