Sophie bekommt eine Zahnklammer und ist darüber todunglücklich. Sie ist fest davon überzeugt, dass der Kieferorthopäde ihren Eltern nur das Geld aus der Tasche ziehen will. Die Pfefferkörner sollen ihr helfen, ihn zu entlarven, aber ihre Freunde lassen sie hängen. Sie glauben, dass Sophies Vorwürfe nur auf verletzter Eitelkeit beruhen. Einzig Themba hält zu ihr.

Beim Klassenausflug auf einem Segelschiff die Elbe rauf und runter schippern? Emma ist begeistert. Sie ist schon ganz aufgeregt, als sie sich morgens im türkischen Mini-Markt um die Ecke mit Proviant eindeckt. Eine Stunde später ist der Spaß vorbei - Emma liegt im Krankenhaus. Verdacht auf schwere Lebensmittelvergiftung, verursacht durch ein Fischbrötchen. Emma ist anderer Meinung. Sie hält einen Fruchtjoghurt, den sie morgens gekauft hat, für die Ursache. Aber der Arzt winkt ab: Verdorbener Joghurt kann diese Symptome nicht verursachen. Die Pfefferkörner gehen dem Verdacht trotzdem nach. Im Mini-Markt machen sie eine höchst verdächtige Entdeckung: Alle Fruchtjoghurts sind aus den Regalen verschwunden und liegen hinter dem Haus im Müllcontainer. Die Pfefferkörner belauschen ein Gespräch zwischen Ogün Arslan, dem Inhaber des Ladens, und seinem Sohn Acar. Jemand hat die Joghurts vergiftet und erpresst sie. Die Arslans sind sicher, dass Werner Harras der Täter ist, ein Mitarbeiter, den sie entlassen haben. Um den Ruf ihres Ladens nicht zu riskieren, wollen sie nicht zur Polizei gehen. Die Pfefferkörner hätten damit kein Problem - aber ihnen fehlen die Beweise. Außerdem müssen sie unbedingt herausfinden, womit der Joghurt vergiftet wurde. Also verschaffen sie sich mit einem Trick Einlass bei Harras und finden tatsächlich belastendes Beweismaterial. Zur selben Zeit beobachten sie Ogün Arslan, der auf der Bank offenbar das Geld für den Erpresser holt. Kurz darauf schließt sein Sohn den Laden und macht sich ebenfalls auf den Weg. Die Pfefferkörner bleiben allen Beteiligten auf den Fersen. Am Ende führt die aufwendige Observierung alle Akteure zusammen, mündet in einer dramatischen Konfrontation, bringt eine nicht nur für die Pfefferkörner überraschende Auflösung und ermöglicht es den Ärzten, Emma schnell wieder auf die Beine zu helfen.

Linas Vater hat sich mit der Altkleidersammlung auf der Flussschifferkirche vollkommen übernommen. Lina und Rasmus helfen ihm, den Gemeinderaum freizuräumen, da findet Lina 1200 Euro in einer Jacke. Die Pfefferkörner wollen das Geld eigentlich der Polizei übergeben, aber Sophie erkennt die Jacke. Sie gehört Pia aus der Parallelklasse. Sophie plädiert dafür, Pia erst zu befragen.

Schock für Themba: Sein Vater Dalu wird von der Polizei verhaftet! Er steht im Verdacht, seine Papiere zum Wucherpreis an einen Illegalen verkauft zu haben. Sogar Themba zweifelt an seiner Unschuld. Hat sein Vater gelogen und betrogen, um der eigenen Familie in Afrika Geld schicken zu können? Als die Pfefferkörner den wahren Drahtzieher der Sache finden, schämt sich Themba für seine Zweifel und riskiert Kopf und Kragen beim Versuch, Dalu zu helfen. Zum Glück bewahrt Sophie einen kühlen Kopf und ist zur Stelle, als ihr Freund einen gefährlichen Schritt zu weit geht.

Lene, Sven und Rasmus trauen ihren Augen nicht, als sie von ihrem Wochenendausflug zurückkommen: Einbrecher haben ihre Wohnung vollkommen leergeräumt. Svens Kollegen vom Einbruchsdezernat erkennen klar die Handschrift der "Umzugsbande", italienische Profi-Diebe. Lene, Sven und Rasmus sind geschockt, Lene, weil ihr Dienst-Notebook verschwunden ist, Sven wegen seiner unersetzlichen Plattensammlung und Rasmus wegen seiner Bio-Hausarbeit, die er in zwei Tagen abgeben muss, wenn er doch noch versetzt werden will. Die befindet sich zusammen mit der Backup-CD in seinem Notebook, und das ist weg. Obwohl die Polizeibeamten sicher sind, dass die Bande ihre Beute immer sofort außer Landes schafft, nehmen die Pfefferkörner die Ermittlungen auf.

Themba ist begeistert. Er hat die Chance, ein gebrauchtes trinokulares Durchlichtmikroskop zu kaufen, ein Profigerät, auf das er schon lange scharf ist. 300 Euro soll es kosten. 100 hat er selbst gespart, 200 legen seine Eltern dazu, obwohl sie selbst knapp bei Kasse sind. Umso schlimmer, als ihm in der Schule von dem Geld 200 Euro gestohlen werden.

Zwei kranke Hundewelpen im Pappkarton bringen die Pfefferkörner auf die Spur skrupelloser Hundehändler, die einen Internethandel mit Rassehunden aus osteuropäischen Zuchtfabriken betreiben. Den Kindern gelingt es, die Verbrecher in eine Falle zu locken, aber dabei kommt es zu einer folgenschweren Panne, und Emma gerät in die Fänge der Verbrecher.

Wahnsinn! Zum ersten Mal steht Thembas und Rasmus' Schulmannschaft im Finale des Großen Hanse-Cups Hamburger Schulen. Als Themba während des Hinspiels einen Foul-Elfmeter bekommt, scheint der begehrte Pokal schon zum Greifen nah. Doch Themba schießt vorbei - absichtlich! Rasmus ist stinksauer. Er hat den Elfer nicht verdient, erklärt Themba ungerührt, der Schiri hat absichtlich falsch gepfiffen, es war Schiebung. Rasmus glaubt, Themba spinnt. Außerdem kann man es mit dem Fairplay auch übertreiben.

Der berühmte Störtebeker-Schädel wurde aus dem Museum für Hamburgische Geschichte gestohlen. Auf der Flucht vor der Polizei stürmt der Dieb mitten in die Eröffnungsfeier des neuen Kontorcafés von Sophies und Emmas Eltern. Doch als kurz darauf die Polizei erscheint, ist der Dieb wie vom Erdboden verschwunden. Anstatt im 100. Pfefferkörner-Fall zu ermitteln, streiten sich die Pfefferkörner, weil Sophie Themba nicht zur Eröffnung eingeladen hat. Sie ist eifersüchtig auf Alisa, aber das gibt sie natürlich nicht zu. Zwischen den Pfefferkörnern kommt es zum Eklat. Emma bleibt nichts anderes übrig, als alleine zu ermitteln. Unterdessen geraten ihre Eltern unter den Verdacht, alles aus Publicity-Gründen selbst inszeniert zu haben. Am nächsten Tag entdecken Sophie und Emma das Unglaubliche: Der Dieb hat den Störtebeker-Schädel auf seiner Flucht unbemerkt in ihrer Küche versteckt. Plötzlich bekommt Sophie eins über den Kopf gebraten. Als Emma ihr mit Hannes zur Hilfe eilt, ist Störtebekers Kopf das zweite Mal verschwunden. Werden die Pfefferkörner ihn wiederfinden?

In der 7A ist der Teufel los. Die Kleider für den anstehenden Modewettbewerb wurden zerstört. Den Schülern ist schnell klar, wer die Schuldige ist: Sophie. Schließlich ist ihr Kleid als einziges heil. Ausgerechnet Sophie, die Mode über alles liebt. Das sonst so selbstbewusste Mädchen hält die Hetze ihrer Mitschüler nicht mehr aus und flüchtet aus der Schule.

Als Dalu, Thembas Vater, seiner Familie stolz sein neu erworbenes Taxi präsentieren will, steht er vor einem ausgebrannten Wrack. In Hamburg waren wieder einmal nächtliche Autobrandstifter am Werk! Themba brodelt vor Wut und macht sich gemeinsam mit seinen Freunden auf die Suche nach den Tätern. Dumm nur, dass die sich ausgerechnet im Umfeld einer Freundin seiner Mutter zu tummeln scheinen - schließlich ist Gabis beste Freundin Jutta die einzige, die das Lampenöl "Burning Desire", das die Pfefferkörner als Brandbeschleuniger identifiziert haben, in Hamburg vertreibt. Jutta, der ein kleiner Esoterikladen gehört, scheint allerdings unschuldig zu sein, aber gilt das auch für ihre Kinder, die 17-jährige Henrike und den 21-jährigen Tätowierer Per?

Während Lina versucht, für ihren Vater über das Internet wieder eine Frau zu finden, werden in der Schule über die nicht bei allen beliebte Mathe-Lehrerin, Frau Wiegel, üble Gerüchte verbreitet. Im Internet wird ein gefälschtes Video von ihr bei einem Ladendiebstahl gezeigt. Sophie gerät unter Verdacht, die Gerüchte angezettelt zu haben, weil ihre Versetzung wegen Mathe gefährdet ist. Bei den Ermittlungen, die die Pfefferkörner anstellen, merkt Themba, wie wichtig ihm Sophies Freundschaft ist und dass Alisa nicht die Richtige für ihn ist.

Rasmus bereitet mit den Pfefferkörnern einen Song für die Hochzeit von Sven und Lene vor. Ihm ist das alles viel zu kitschig, deshalb gerät er mit Lina aneinander. Themba weiß nicht, wie er Sophie küssen soll, weil sie ja 'nur' befreundet sind. Als die beiden Jungs sich auf dem Gerüst einer Großbaustelle treffen, um ihre Probleme von Mann zu Mann zu besprechen, beobachten sie, wie zwei Typen Stahl klauen.