木更津の海に封印されていた悪の軍団、恐怪帝国が復活した！ 彼らはまず戦力を整えるために、人間の科学者をさらうべく地上へ侵攻を開始した。 恐怪帝国の復活を知った八剱神社の宮司である大碓マコトは、大和タケル、橘マリにそれぞれ戦士の資質があることを伝え、鳳神ヤツルギ・天神キサラを招来するためのアイテムを授ける。アイテムを受け取ったタケル達は、親友である獅子堂カイトが科学者・穂積太郎と共に恐怪帝国に襲われていることを知る。タケルとマリはカイトを救う為、神社を飛び出していく。

ヤツルギとなって恐怪獣タートルフィアーを倒したタケル。 タケルは同じく戦士としての資質を持つマリに、一緒に戦おう、と誘うも、マリはそんな力は自分にはないと、タケルの前から逃げてしまう。 一方恐怪帝国はさらってきた穂積博士を脅し、恐怪獣製造マシーンの修理を始めさせる。そして、新たな恐怪獣フィアーウルフが誕生し、再び地上に侵攻を始める！

キサラに覚醒したマリだったが、力が足りず体に大きな負担がかかり、一時的に戦えなくなってしまう。マリはマコトと相談し、これからも戦いを続けることを決意し、神社で修業を始めることとなった。 そんな時、カイトが一人の少女を連れて八釼神社へやってくる。彼女の名は穂積ヒメ。恐怪帝国にさらわれた科学者・穂積博士の一人娘。これから神社で預かることとなるのだった。 恐怪帝国は新たな恐怪獣・イカフィアーを誕生させ、再び地上の人間たちの心を惑わせ始めた。タケルが駆けつけ戦う中、自信に満ち溢れたカイトが現れる。ブレスレットをかざし、カイトは叫ぶ。「ガイオン・ミッションスタート！」

ガイオンという新たな味方を得たタケル。そして、マリもまた再び戦える時が近づきつつあった。そんな中、タケルとカイトの元にマコトから緊急の知らせが！？ 一方恐怪帝国ではあらたな恐怪獣、フィアーラビットが誕生。怠けを司るフィアーラビットの力によって、街中の人々がだらけ、働かなくなってしまう。 駆けつけたタケルとカイトはそれぞれヤツルギとガイオンに変身し、フィアーラビットに挑むも敵の術中にはまり大ピンチに陥る！？

銚子電鉄のヒーロー、ゴーガッシャーがはるばる木更津までやってきた。その理由は、ヤツルギに会う為だと言う。何でも恐怪帝国の影響で、乗車マナーを破る人間が多くなってきていると言うのだ。タケルとゴーガッシャーは力を合せ、恐怪帝国と戦うことを誓い合う。 一方恐怪帝国にも動きがあり、穂積博士が隙を見て脱出し逃亡していたのだ。それを知った獅子堂カイトは一人穂積を保護しに向かう。しかし責任を問われたヤジューロウが恐怪獣フィアーバイソンと共に地上に向かっていたのだった！

タケルは一人、木更津のたぬき像の導きで、勇気の試練に挑戦していた。 過去に払拭できないある事件から、タケルは自身の勇気の無さを明るさと元気だけでごまかしてきていたのだった。 恐怪帝国では、再び囚われの身となった穂積博士に釘を刺し、新たな恐怪獣が生み出された。その名は、フィアークック。臆病を司る彼は勇気の心を吸い込む力を持っていた。 勇気を取り戻そうとするタケルと勇気を奪うフィアークック。タケルが試練を乗り越えた時、紅き龍の戦士が蘇る！

勇気を取り戻したタケル。マリは喜ぶものの、事前の連絡もなく起こしたタケルの身勝手な行動に獅子堂カイトは怒っていた。謝るタケルだったが、カイトは冷たく突き放してしまう。そんなカイトに同僚である七海碧生が釘を刺すも、カイトは効く耳を持たない。 一方恐怪帝国では、穂積が何故人間と話し合うことが出来ないのかと幹部達を問いただしていたが、ヤジューロウは怒りを覚え、そんなこと無駄だと言い放し、新たな恐怪獣、スネイクフィアーを誕生させる。不信を司る恐怪獣の力は、タケルとの信頼関係が崩れかけていたカイトに影響をもたらしてしまう！

三つ目の宝玉を手にし、またカイトと本当の意味で共に戦う仲間となったタケル達。一方恐怪帝国では以前ジャンクーガが持ち帰ってきた黒い結晶に皇帝が力を注ぎこみ、黒き鳳凰、黒ヤツルギが誕生してしまう。黒い結晶の正体は、フィアークックがヤツルギから吸い込んだ心が結晶化したものだったのだ。更に新たな恐怪獣イーグルフィアーも誕生し、地上に進軍していく。 地上に出た黒ヤツルギ達は強力な力を発し、タケル達がすぐに察知し現場に向かう。果たしてタケル達はこの凶悪なコンビに勝てるのか！？

黒ヤツルギによって傷ついたマリを連れて神社に戻ってきたタケル達。しかし、マリは意識が戻らず眠った状態が続いていた。そんな中、恐怪帝国は攻撃の手を緩めず新たな恐怪獣・フィアーパンダを作り出し、街を混乱に陥れる。前回の戦いでのダメージで、ガイオンも戦うことが出来ず、たった一人で恐怪帝国と戦うヤツルギ。 苦戦するヤツルギの前に小さな希望が現れる。それは・・・？

未だ意識が戻らないマリ。そんな中、カイトは七海の協力もあり、恐怪帝国の目的が何か、その答えに近づきつつあった。 眠り続けるマリは、夢の中で謎の声を聞く。恐怪帝国の封印について語る、謎の声の主とは？そして、ついに黒ヤツルギが痺れを切らし、再び地上に現れ、ヤツルギとの戦いを求めていた！ぶつかり合う光と闇の鳳凰！勝つのはどっちだ！？

ヤジューロウ達の度重なる失敗に怒る恐怪帝国皇帝は、ヤジューロウとウシオラを恐怪獣製造マシーンに放り込み、二人を一体の恐怪獣、デモンフィアーに姿を変え、地上に放ってしまう。 一方タケル達はマリが夢の中で見たメッセージについて考え、何かヒントはないかと探し始め、ある手がかりを見つけていた。 そしてジャンクーガは穂積博士を連れて地上に向かっていた。果たしてその目的とは・・・

恐怪帝国が何故生まれたか？どうして人間を敵視するか？様々な謎が判明していく中、ヤツルギとジャンクーガが宝玉を賭けて一騎打ちを行う！戦いの末、復活してしまう恐怪帝国皇帝ディスカード！圧倒的な力で絶望を広める皇帝に立ち向かうヤツルギ達。果たして勝負の行方は？木更津の運命は？