悪の組織・海底帝国ザブーンが木更津の街を襲い始めた!街の青年・大和タケルは不思議な石の力で変身し、ヤツルギとなって街を守るために戦う!

ヤツルギへと姿を変え深海獣を倒したタケル。八剱神社に戻ると元治から過去から続いているザブーンとの関係、そして、ヤツルギの使命を伝えられる。そして決意を新たにし、木更津各地に散った封印の剱を探し始める。一方ザブーンでは新たな深海獣、トビウオカメラが誕生し、ヤツルギを狙っていた！

剱を奪われたことに責任を感じるタケル。一方ザブーンも剱探しに本腰を入れ、アクマリンが地上に向かう。タケルはザブーンとの戦いを自分一人で背負おうとし、マリ達の助言も聞かない。そんな時、新たな深海獣ナマコロケットが現われ、街を襲い始めた！

より強くなっていく深海獣。これに対抗するためにはヤツルギの力を使いこなせないとならない。そんなタケルに待っていたのは元治との剣の修行であった。そんなある日の夜、街の狸像が次々と切り裂かれる事件が起こる。ザブーンが生み出した深海獣、デバヤシガニの仕業であった。事件を聞いて回るマリだったが、運悪くザブーンに見つかってしまう。

マリの弟、カズがやってきた。タケルとマリはザブーンとの戦いにカズを巻き込まないように、ヤツルギの情報をひた隠すのに必死になる。ザブーンは新たな深海獣、ウツボタイヤーを生み出し、剱の捜索に当たらせるが、その様子をカズが偶然見かけてしまう。

マリは剱に触れたときに謎の戦士の幻を見る。それからというもの、不安な毎日を過ごすマリ。その頃ザブーンではファンガーク取って置きの素材から作られた深海獣、タコサンダーが誕生していた。街中の電気を吸収したタコサンダーにヤツルギが挑むが、苦戦を強いられてしまう。その時、マリに新たな力が降臨する！

キサラになったことでタケルと共に戦う決意をするマリだったが、誰一人危険な目にあわせたくないというタケルから戦うなと釘を刺されてしまう。しかしザブーンは新たな作戦を仕掛けヤツルギとキサラを分散しようと目論む。新たな深海獣、クラゲシャワーにより分散され、一人になったキサラに、クラゲシャワーの特殊能力が襲い掛かる。

クラゲシャワーの戦い以降、ギクシャクしていたタケルとマリだったが、互いの思いをぶつけ合い、二人で協力して戦うことを誓う。一方ザブーンは地上のあらゆる地点にギョジーン兵を配置し、剱が現われるのを待ち続けていた。剱を巡り、ザブーンとヤツルギ・キサラとの戦いは更に激化していく。

数々の深海獣を打ち破られたアクマリンはついに自ら行動を起こす。ヤツルギの関係者として目をつけていた、マリの弟、カズを尾行し、さらってしまう。偶然現場を見かけた靭だったが返り討ちにあってしまう。アクマリンにさらわれた事を知り、カズを救うため戦うマリだったが、アクマリンの毒攻撃にやられてしまう。更にカズと引き換えに、マリ達が持つ封印の剱を要求されてしまう。カズと剱、マリの決断は・・・！？

激闘の末、アクマリンを打ち倒すヤツルギとキサラ。だが、相棒をやられて激怒するファンガークは、最後の一本を巡ってヤツルギとの決闘を申し込み、ヤツルギはそれを承諾してしまう。何故、探知機を持つ有利な状況を捨てタケルは決闘を選んだのか？そしてファンガークの思いとは？やがて最後の封印の剱が地上に現われ、二人の戦士による、意地と意地のぶつかり合いが始まろうとしていた！！

封印の剱をかけぶつかりあうヤツルギとファンガーク。ついにファンガークが真の姿を見せ、どちらも一歩も引かない木更津を揺るがす激しい戦いが繰り広げられる。果たして勝つのはどちらか？最後の封印の剱を手にするのはヤツルギか、それともファンガークか！？

遂に復活した海底帝国ザブーンの王、キングオーガ！ヤツルギとキサラが挑むものの、その圧倒的な力によって敗走してしまう。キングオーガを倒す術も分からず心が折れかける二人だったが、元治の力強い言葉で戦意を取り戻す。ヤツルギとキサラは再びキングオーガの前に立つ。果たして、木更津の運命は？