En avril 1246, Florie, la fille de Mathilde et d'Etienne Brunel, maître-orfèvre à Paris, épouse Philippe Thomassin. Les jeunes époux décident de gagner la cour de la reine Marguerite, la femme du roi Louis IX, pour y exercer le métier de poète. Beaucoup plus jeune que son mari, Florie se sent encore pleine de vie. Ainsi éprouve-t-elle tout le mal du monde à résister à son attirance pour Guillaume, le charmant cousin de Philippe. Se sentant sur le point de succomber, elle s'en ouvre au chanoine Clutin, espérant que celui-ci saura raffermir son coeur. Les choses se compliquent encore quand Guillaume tombe follement amoureux de Florie...

Arnauld, fils aîné des Brunel, recherche Artus. Ayant découvert le manège de Guillaume, il met en garde sa soeur. Mathilde confesse à son oncle, le père Curtis, son attirance pour Guillaume. Florie et Clarence sont agressées par des étudiants. Prévenu par Perrine, Guillaume sauve Florie. Clarence, quant à elle, est séquestrée puis violée...

Rutebeuf retrouve la trace d'Artus le Noir. Ce dernier est arrêté puis pendu. Mathilde part en pèlerinage à Saint-Martin de Tours, dans l'espoir d'obtenir la guérison de Clarence. Devant la châsse du saint, le miracle se produit : Clarence retrouve la raison. Elle décide alors de prendre le voile. Par ailleurs, l'enfant de Florie est né. Mais Guillaume force la jeune femme à lui céder et provoque accidentellement la mort du nouveau-né...

Sept ans se sont écoulés. Florie vit toujours recluse dans sa maison en Touraine. Elle partage son temps entre l'orphelinat de Grandmont et le couvent de Tours, où sa soeur Clarence mène une vie de sainte. Pourtant, cet édifice de contrition et d'austérité vole en éclats le jour où Guillaume réapparaît dans sa vie, brûlant de désir comme un damné en enfer...

Mathilde est sur le point de regagner Paris. Avant son départ, Florie trouve le courage de lui avouer qu'elle est toujours la maîtresse de Guillaume. Mathilde, inquiète et choquée, la conjure de mettre fin à cette liaison destructrice. De retour à Paris, Mathilde réalise que ses autres enfants ne vont pas tarder à lui donner également du souci. En premier lieu, il y a Jeanne, qui est tombée amoureuse d'un va-nu-pieds nommé Rutebeuf. Etienne, en bon père de famille, tente de dissuader sa fille de fréquenter le jeune homme...

Guillaume, rendu fou par la séparation que lui a imposée Florie, rôde autour de sa maison comme une âme damnée. Bien décidé à la faire changer d'avis, il la harcèle sans cesse, au point que Florie, craignant pour sa protégée Agnès, se rend de plus en plus souvent chez ses parents à Paris. A l'occasion des fêtes données à Tours pour le retour du roi, Florie revoit son mari, Philippe Thomassin. Le choc de ces retrouvailles lui fait perdre connaissance. Peu de temps après, Guillaume est retrouvé mort, déchiqueté par les loups. Florie, désespérée et perdue, en appelle à sa mère. Mathilde, une fois encore, fait le voyage de Paris à Tours. Tout au fond d'elle-même, elle craint que cette fois sera la dernière...

Cela fait bien dix ans que Mathilde Brunel est morte. Son époux, Etienne, pourtant bien plus âgé qu'elle, vit dans le souvenir de celle qui l'a quitté si tôt. Il se console en voyant sa fille aînée, Florie, renouer des contacts avec son mari Philippe. Les deux jeunes gens semblent avoir décidé de faire table rase de leur lourd passé et vivent à nouveau sous le même toit. Etienne ignore pourtant que leur amour est mort et enterré à jamais. Marie, la plus jeune fille de l'orfèvre, épouse Robert Leclerc, un enlumineur, comme elle. Bientôt, Marie lui donne deux beaux enfants, Aude et Vivien. Mais le malheur s'abat une fois encore sur la famille, quand Robert meurt assassiné...

Agnès et Thomas se sont réfugiés au cimetière des Saints Innocents. Ils y rencontrent une famille de Lombards qui les enlève, les séquestre et exige une rançon. Thomas parvient à se libérer en assassinant l'un de ses gardiens et à s'enfuir avec la jeune fille. Malheureusement, au cours de leur fuite, Agnès tombe sous le pas d'un cheval. Thomas parvient à la porter jusqu'à la maison de Matthieu Leclerc. Désespéré, Thomas envisage de partir pour Rome afin de rencontrer le pape et de lui demander une dispense. Pendant ce temps, Marie croise la route d'Amaury, un des truands qui a enlevé Thomas...

Matthieu, bouleversé d'apprendre que son fils était un truand, promet à Marie de payer l'intégralité de la somme réclamée par Amaury. C'est à bout de nerfs que Marie décide de rompre avec Côme après s'être violemment disputée avec lui. Après avoir rassemblé l'argent, Marie se rend auprès d'Amaury pour obtenir la libération de son fils. Mais là, l'homme parvient à tromper sa vigilance et finit par abuser d'elle. Humiliée, au désespoir, Marie se confie à Côme qui lui apporte le réconfort dont elle a tant besoin...

Bouleversé en apprenant que son fils est un truand, Mathieu promet à Marie de payer la somme réclamée par Amaury et part en pèlerinage pour expier les péchés de son fils. Une mauvaise nouvelle attend Thomas à son retour de Rome : la belle et douce Agnès est morte des suites de ses blessures. Entre Marie et Côme, tout désir de vie commune semble voué à l'échec. A la fin de ce XIVe siècle, le monde qu'a connu Mathilde Brunel, depuis longtemps enterrée au cimetière des Innocents, a définitivement disparu. Des temps nouveaux s'annoncent, qui relègueront à nouveau les femmes dans l'ombre des hommes...