Паша, которому чудом удалось выжить, собирается вернуться в полицию. Фома отговаривает его и предлагает место начальника службы безопасности в своей компании. На должность начальника полиции претендует Роман Малышев. Он обращается к полковнику Арсеньеву, который просит крупную сумму за "входной билет". У бизнесмена-строителя Зюзина городская администрация в лице замглавы района Волкова требует "откат". Зюзин отказывается, и его стройку замораживают, а Волков находит более сговорчивого подрядчика. Зюзин, доведенный до отчаянья угрозами в свой адрес и в адрес дочери Инги, врывается в ресторан, где Волков ведет переговоры, и выстрелом из ружья убивает его, а затем скрывается. Жанна, девушка по вызову, дает Павлу наводку на место, где прячется Зюзин. Туда направляется Арсеньев с Малышевым и Жанной. Арсеньев предупрежден, что Зюзин может дать показания, крайне невыгодные для городской администрации. Павел пытается помочь вышедшей на свободу Юле адаптироваться к новой жизни. Сам он понимает, что не сможет работать под начальством Арсеньева и принимает предложение Фомы.

Сотрудники ДПС останавливают VIP-такси и в портфеле у пассажира - крупного бизнесмена - находят пакет с наркотиками. В должности начальника безопасности у Фомы Павел выявляет слабые места в работе прежнего начальника, Тучкова. Фома решает уволить Тучкова, но Павел уговаривает пока его оставить - он не хочет нажить себе врага. Бизнесмен, попавшийся на наркотиках, оказывается другом Фомы. Фома просит Павла договориться со следователем по этому делу, Машей Завьяловой, подругой Андрея Михайлова. Он предлагает ей деньги за развал дела.

У Фомы разгорается конфликт с Якутом, который распространяет на Невском дешевые наркотики. Якут встречается с Малышевым и предлагает долю в этом бизнесе. Павел пытается задержать случайного прохожего, в котором узнал по ориентировке возможного преступника, но сам оказывается в полиции. Ему дают понять, что здесь он уже чужой. Вернувшись на место стрельбы, Павел находит гильзу, которую передает на экспертизу Михайлову. На гильзе - отпечатки некоего Пармезана, находящегося в розыске. Люди Михайлова вычисляют квартиру, в которой тот остановился. Выясняется, что последний номер, на который Пармезан звонил по городскому телефону, находится в офисе Фомы. Михайлов считает, что киллер по заданию Арсеньева должен убрать Фому. Павел предупреждает Фому об опасности.

Фома хочет получить тендер на реставрацию зданий в центре города, но новый руководитель района Бабич уже обещал тендер Арсеньеву. От Михайлова требуют информации о деятельности Фомы. Арсеньев находит слабое звено Фомы, это - Юля, жена Павла. Нина, которую Юля избила, написала на нее заявление, но ему пока не дали ход. Павел, в свою очередь, находит компромат на Бабича - фото его встреч с проститутками. Когда люди Фомы уже встречаются с Бабичем, чтобы надавить на него, Арсеньев сообщает Павлу, что закроет дело Юли в обмен на тендер. Но единственный способ закрыть дело Юли - заставить Нину не давать показаний.

Павла и Юлю допрашивают по делу об убийстве Нины: пока они единственные подозреваемые. В отличие от Павла, у Юли нет алиби. Павел просит Фому обеспечить ей алиби, сказать, что в тот вечер она была с ним в кафе. Фома соглашается. Запись разговора Фомы и Павла оказывается у Михайлова. Андрей уговаривает друга не давать ложных показаний. Фома дает показания, но вспоминает, что совсем забыл про камеры видеонаблюдения в кафе. Он просит Тучкова скачать все данные с камер и уничтожить их. Тучков оставляет себе копию записи, так как Фома и Юля действительно встречались в этом кафе, но не сказали об этом Павлу. Михайлов осматривает место убийства Нины и находит метку "Архитектора".

В номере гостиницы находят тело Борисова Михаила Петровича, из номера пропала крупная сумма. Убит охранник, пытавшийся задержать убийцу и случайный свидетель. В номере у Борисова была проститутка, и остались наркотики. Денис Сомов знает дилера и обещает дать наводку на девушку. Фома встречается в офисе со своим финансовым консультантом Гартманом, который в курсе всех его дел. После встречи служба безопасности обнаруживает прослушку в кабинете Фомы. Павел решает устроить проверку Гартману, чтобы выяснить, не работает ли он на полицию.

Бабич берет деньги у коммерсанта Колесникова в обмен на обещание, что его фирма получит подряд на ремонтные работы, но тендер не обеспечивает. Коммерсант, снявший на видео факт передачи денег, угрожает чиновнику. Фоме приходится проучить Колесникова. Тогда Колесников обращается за помощью к знакомому адвокату - он собирается убрать Фому. Адвокат поручает дело двум парням, на совести которых уже есть убийство в районе, где живет Павел. Начальник местного отделения полиции вручает Павлу ориентировки на этих отморозков.

У сына генерала Любимова украли две фуры с финским алкоголем. Любимов не может проводить официальное расследование, так как груз нелегальный. Он обращается за помощью к Михайлову. В это время Маша Завьялова выезжает на место преступления - обычная бытовуха. У нее нет времени искать понятых, так как вся группа уезжает на новое место преступления. Маша находит подставных, но адвокат это выясняет. Дело берется под контроль Арсеньев лишает лицензии одну из охранных фирм Фомы. Фома решает мстить и устраивает пожар в ночном клубе, принадлежащем Арсеньеву. Павел узнает, что Нина была беременна. И хоть он не уверен, что это был его ребенок, он решает, что должен поймать того, кто совершил убийство от имени "Архитектора".

Михайлов выезжает в область на задержание преступника Лехи Финна, находящегося в розыске, и успешно его задерживает. Семенов изучает биографию Тучкова, так как подозревает, что кто-то пытается его подставить - убийство Нины и сотрудников ДПС говорят в пользу его версии. Семенов выясняет, что Тучков во время службы в армии убил своего сослуживца, но дело таинственным образом замяли. Семенов и Фома решают устроить ему проверку. Денис Сомов приходит к своему дилеру за очередной дозой "лекарства", там его поджидают сотрудники полиции, которые вымогают деньги у поставщика наркотиков. Денис убивает обоих. Вскоре ориентировка с его фотороботом поступает в его же отдел. Михайлов пытается помочь Маше замять дело с подставными понятыми.

Полковник предлагает Маше свою помощь в закрытии дела - она должна "занести" ему двадцать тысяч. Маша срочно ищет деньги и обращается за помощью к Семенову. Денис арестовывает киллера Пармезана, работающего на Фому. У органов большие ставки на его показания, и Пармезана тщательно охраняют. Он соглашается на сделку со следствием и готов сдать Фому в обмен на защиту. Фома просит Пашу организовать побег Пармезана. На могиле родителей Пашу застает бывший коллега, ныне полковник ФСБ, который рассказывает, что их гибель могла быть инсценировкой, поскольку отец Паши и есть Архитектор.

Семенов переживает из-за результатов ДНК. Не зная теперь, кто его отец, Семенов начинает пить. Юля жалуется на мужа Фомину, тот обещает помочь им уехать в отпуск, чтобы они смогли наладить отношения. Михайлов планирует взять Душмана, лидера ОПГ, промышляющего заказными убийства. Для этого он выпускает из тюрьмы Веню, соседа Семенова, из-за которого тот однажды чуть не умер. Веня хочет стать киллером и связывается с Душманом. Михайлов устанавливает за Веней слежку. Веня проникает в дом Семенова и, угрожая пистолетом, заставляет Юлю отдать все деньги, отложенные на отпуск.

Семенов помогает бывшим коллегам задержать квартирного афериста. Фома безуспешно пытается наладить контакт с новым главой района, бывшим работником ФСИН Матюхиным. Однако принципиальный чиновник отказывается пускать криминальный бизнес в район, и тогда Фома заставляет главу коммунальной службы прекратить вывоз мусора с Невского. Внезапно неизвестные похищают дочь Матюхина. Чиновник убежден, что это происки Фомы.

По приказу Фомы Семенов и Тучков выбивают долг у мелких залетных бандитов. В ходе разборки Семенов снова спасает жизнь Тучкову и сам получает ранение. Тучков в беседе с Максимовым высказывает сомнение в вине Семенова, но Максимов жестко ставит его на место и требует продолжать разработку объекта. Помогая своей соседке, ставшей жертвой медцентра, навязавшего ей кредит в банке "Пальмира", Семенов и Тучков попадают в плен к службе безопасности банка. Но Михайлов спасает друга, поставив под угрозу полицейскую операцию по разработке банка, который "крышует" Арсеньев.

Благодаря Максимову, который уверен, что Семенов не убивал Пастухова, Пашу освобождают из-под стражи. Семенов нужен Максимову на свободе, чтобы поймать Архитектора. Максимов дает Семенову фотографию человека, чей ДНК полностью совпал с его ДНК - это Семенчук. Максимов уверен, что Семенчук жив и знает, что Паша его сын, поэтому каждый раз его спасает, убивая тех, кто угрожает Паше или шантажирует его. Криминальный авторитет Пахом поручает Фомину хранить бандитский общак. Все понимают, что Фома - преемник Пахома, а это не устраивает Байкала. Он приходит к Арсеньеву и просит помочь ему "свалить" Фомина.

Семенов уверен, что Юля обманывает его с Фомой, но они оба отрицают измену. Фома рассказывает Семенову, что у него роман с певицей из ресторана, которую он случайно спас от бандитов. Семенов не верит в такие случайности и просит Михайлова все узнать об этой девице. Михайлов выясняет, что у певицы поддельный паспорт, а сама она давно в розыске у Интерпола. В главк приезжает комиссия, цель которой убрать Любимова с должности по указке зам. министра МВД, однокашника Арсеньева. Любимов понимает, откуда ветер дует, и требует у Шубина компромат на Арсеньева.

Веня продолжает скрываться. Обиженные им бандиты приходят к матери Вени и требуют продать квартиру в счет уплаты его долга. В отчаянии она обращается за помощью к Семенову, но тот отказывает, потому что уверен в тщетности борьбы с "шестерками", за которыми явно стоят влиятельные люди. Тогда мать обращается за помощью к Фоме. Юля, приняв за Веню похожего юношу и опасаясь за сына Сашу, оглушает незнакомца бутылкой по голове прямо в супермаркете. Фома помогает освободить Юлю, опередив в этом Семенова. Под воздействием затянувшегося стресса Юля подает на развод и переезжает в съемную квартиру.

После разрыва с Юлей и ухода от Фомина, Семенов остается один. Внезапно неизвестные похищают его и под пытками пытаются заставить выдать секреты Фомы. Семенов молчит и выбирается из плена. Только тогда он узнает, что это была проверка, подстроенная самим Фомой. Бывшие коллеги обращаются к Семенову за помощью. В районе одного за другим стали расстреливать таксистов. Все жертвы работали в одном автопарке. Согласившись стать приманкой для убийцы, Семенов задерживает преступника, который оказывается обиженным соседом по даче владельца автопарка.

Денис Сомов по приказу Арсеньева с помощью нанятых гопников ночью в подворотне избивает Тучкова. Семенов встречается в кафе с женой, чтобы обсудить детали предстоящего развода. Он пытается отговорить ее, но Юля тверда в своем решении. У Василия в больнице возникает версия, что его избили специально, чтобы в отсутствие Семенова убрать от Фомы на время готовящегося нападения. Тучков звонит из больницы Семенову, чтобы тот предупредил Фому об опасности. Но Семенов отказывается что-либо предпринять, он теперь сам по себе. Кроме того, Фому охраняют надежные люди, которых лично отбирал Семенов, так что бояться нечего.

Фома, Семенов и Юля спасаются от преследования в загородном доме. Фома предлагает Юле уехать из страны после того, как он решит все проблемы. Семенов встречается с Арсеньевым и сообщает ему, что общак, "переведенный" в бриллианты, находится не у Фомы, а у Байкала. Арсеньев удивлен, что Семенов ничего не требует взамен за такую ценную информацию. Байкал предупреждает Пахома, что если Фома "слился", то за общак придется отвечать Пахому. У Пахома появляется версия, что вся мутная история с общаком может быть провокацией органов, чтобы рассорить бандитов, и поэтому Фома ему нужен живой и невредимый.

По результатам служебной проверки полковника Арсеньева увольняют из органов внутренних дел за "развал работы во вверенном подразделении и утрату контроля за оперативным составом". На допросе Захаров признается Семенову, что просто хотел ему помочь, убивая тех, о чьей смерти мечтал Семенов. Арсеньев в ресторане передает главе комиссии по борьбе с коррупцией Веселовскому полмиллиона долларов, чтобы сохранить прежнюю должность. После получения взятки Веселовского задерживают. Арсеньев задействует все свои связи "в верхах", чтобы не потерять свою должность. Любимов предлагает Арсеньеву написать рапорт об увольнении. Шубин предлагает Фоме сделку: обеспечение безопасности в обмен на информацию о преступном мире Питера, ведь Байкал уже выходит на свободу, и ему грозит опасность.