今から10年前、木更津の地で戦う一人の戦士がいた。 彼の名は、羽生 シュウジ。 熱き正義の心を持ったシュウジは、若き日の獅子堂 カイトを助手に自ら電装マデラスに変身し悪と戦い、人々の平和を守っていた。 そして時は流れ―――

ゼッツボーンが消えて平和が戻った木更津の町。大和タケルは八剱神社の巫女・橘マリやヒメ、ライバルの獅子堂トウマたちとのんびり過ごしていた。 そこへ、久遠ケンジがやってきた。カイトがいなくなったというのだ。その時、タケルたちは邪悪な気を感じ取る。 なんと、極悪結社ゼッツボーンが復活したのだ。 現場にむかったタケルたちは、そこで最悪の人物と遭遇する。

カイトがＤｒ．ハブルの仲間になってしまった！？一体どうういうこと？　 動揺するタケルたちだったが、その時、ゼッツボーンの怪人が人々を襲いはじめた。 タケルはヤツルギに変身して怪人と戦うが、以前より力が増しているゼッツボーンの敵たちに焦りを隠せない。 怪人の攻撃を受けたヤツルギは変身が解け、さらに変身ができなくなってしまう。 絶体絶命のタケルに敵の攻撃が迫る、その時！ キサラの愛の力が炸裂する。

最大のピンチに陥ったタケルを自らの命を賭けて救ったマリは、その戦いから目を覚まさない。 トウマとケンジがゼッツボーンに怒りを感じるなか、タケルはマリを救えなかったことに悩み続ける。 そこへ、ゼッツボーンが現れたという連絡が入った。 タケルはヤツルギに変身できないまま、戦いの場に向かう。

タケルはみんなの希望の力を受け、グレンカムイヤツルギにパワーアップした。 トウマはそんなタケルを見て自らもパワーアップしなければと思い、ケンジとともにガイオンスーツの改良をはじめる。 一方、ヒメはマリになんとか目を覚ましてもらおうと全身全霊をかけて必死の祈りを捧げていた。 再び現れたゼッツボーンの怪人のもとにタケル、トウマ、ケンジが駆けつける。

みんなの思いが通じ目を覚ましたマリは、ゼッツボーンとの戦いに苦戦するみんなのもとに駆けつける。 みんなを助けるために変身したその姿はなんと！ 新たな力を身に纏ったシルフィー・キサラだった。 シルフィー・キサラはヤツルギたちとともに戦い、デイビーを追いつめるのだが……。

Ｄｒ．ハブルは世界を闇に包み込む『絶望計画』を実行しようとしていた。 一方、タケルは、カイトが本当に悪になってしまったのか疑問をいだいていた。 そんな中、八剱神社ではトウマやケンジ、それに子供たちがコミックボーンの漫画を読んで絶望を感じていた。 ヒメは、八剱神社に現れたグレイの後をつけ、単身ゼッツボーンのアジトにのりこんでいく。

カイトは異形の戦士・シャドウ・ハウンドとなり、ヤツルギたちの前に立ちふさがった。 カイトが悪になるはずがないと思っていたタケルたちは強いショックを受ける。 一方、ヒメはドクター・ハブルがかつてヒーローだったことを知り、子供たちと各他のヒーローたちがなにか知っていないか情報を集めることに。 しかし、そんなヒメたちの前にスマッシュとダンシングボーンが現れて……。

タケルたちは、Ｄｒ・ハブルの過去を知っているというライデンマルに話を聞くことにした。 ライデンマルがいうには、Ｄｒ．ハブルは昔、マデラスというヒーローだったのだという。 それを聞いたタケルは大きなショックをうける。 Ｄｒ．ハブルの衝撃の過去が明かされる！

Ｄｒ．ハブルが何をしようとしているのか分からず戸惑うタケルたちのもとにカイトがやってくる。 『絶望計画』が発動されれば世界は終わる。 あまりにも危険な計画にカイトは最後の望みをかけるのだった。 しかし、タケルたちは絶望計画を阻止するため、最後の決戦に挑む！

ついに、ヤツルギたちｖｓゼッツボーン最終決戦の火蓋が切って落とされた！ 三幹部が絶望計画の力によってパワーアップし、シャドウハウンドも参戦。 さらに、Ｄｒ．ハブルまでもが真の力を発揮する。 ヤツルギたち5人ｖｓゼッツボーン5人の究極の大決戦！！ 最凶軍団ゼッツボーンの圧倒的な力の前にヤツルギたちが苦戦を強いられる。

ヤツルギたちは、絶望の化身ハブルカイザーになったＤｒ．ハブルと激しい戦いを繰り広げる。 しかし、絶望計画を発動しているゼッツボーンは強く、ヤツルギたちは悪の力を止めることができない。 それでも決してあきらめないヤツルギたち。絶望計画を止めるため、悪を倒すため、ヤツルギたちは何度でも立ち上がる！！

最凶最悪の敵を前に、ヤツルギたちは苦戦を強いられる。 ハブル、カイト、そしてマリたちは決してあきらめないヤツルギと共に最後の力をふりしぼり、ハブルカイザーとの戦いに挑む。 勝つのは、正義かそれとも悪か？ヒーローたちの熱き戦いの結末は！？