Cette première partie explore l'engrenage des événements et les erreurs de jugement qui ont mené au premier attentat contre le World Trade Center, le 26 février 1993. Tout commence avec l'invasion soviétique de l'Afghanistan en décembre 1979. D'anciens responsables de la CIA expliquent pourquoi ils ont pris le risque d'armer les moudjahidin arabes de Ben Laden et parlent de leur pacte avec le "diable" islamiste. Des agents du FBI racontent leurs premières enquêtes contre le terrorisme islamiste aux États-Unis. Le premier et le seul infiltré du FBI à l'intérieur d'Al-Qaida témoigne. Politiques, diplomates et agents de renseignement reviennent ainsi en détail sur l'histoire non officielle qu'ils ont contribué à écrire, reconstituant le puzzle des tensions et l'itinéraire d'Al-Qaida. Des erreurs tragiques commises par les uns à la violence aveugle décrétée par les autres, un film très documenté pour décrypter l'engrenage infernal de la terreur et de la contre-terreur.

Cette seconde partie est consacrée à la course contre la montre commencée au lendemain de la première attaque contre les tours jumelles en 1993. Elle revient notamment sur le grand mystère du 11-Septembre : plus d'un an avant les attaques, la CIA surveillait deux des futurs pirates de l'air qui s'apprêtaient à se rendre aux Etats-Unis, et faisait tout pour empêcher le FBI de le découvrir. Le film reconstitue, pièce par pièce, le puzzle de la traque d'Al-Qaida, mettant en perspective les rendez-vous manqués qui, à la manière d'un engrenage infernal, ont inexorablement conduit au matin du 11 septembre 2001