Suite à un appel anonyme, Nadine et Rayann interpellent Jean-Marc Lagarde, propriétaire d'un dépôt/garde meuble. Ce dernier serait un trafiquant et entreposerait dans ses locaux 25 palettes de cigarettes. Lagarde est arrêté en compagnie de Lana, une jeune femme de 17 ans et 11 mois qui se trouve être sa petite amie depuis quelques années. Les cigarettes sont introuvables, les enquêteurs décident alors de fouiller dans le passé commun des deux interpellés...

Vincent et Agathe sont appelés par le centre de traitements des appels du 119, "Allô enfance maltraitée". L'une des membres de l'équipe a en effet reçu le coup de fil d'un gamin battu qu'elle pense être du quartier. Les deux policiers ne tardent pas à identifier l'enfant et convoquent ses parents. Mais le petit a disparu.

Chloé et Agathe enquêtent sur un certain Buhran, accusé d'agression par Thomas, un petit garçon. Buhran est l'amant de la mère de Thomas. Si les deux officiers pensent tout d'abord à une affaire de pédophilie, la suite de l'enquête les mènera sur une tout autre piste.

Frédéric Kant, jeune cadre de la GIF, gestion de patrimoine, est retrouvé mort d'une overdose sur son lieu de travail. Sur place, Agathe et Bernard interrogent une secrétaire qui accuse leur patron d'harcèlement moral sur ses employés. Ils avancent dans l'enquête grâce à Lucas Talbot, un ex-collègue de Frédéric Kant, qui confirme les dires de la secrétaire. Cependant Talbot semble lui aussi lié à ces histoires de drogue. Après une perquisition chez lui, Agathe et Bernard découvrent des doses correspondant à celles trouvées sur la victime.

Une petite fille a probablement contracté le virus de la rage... Chloé et Bernard se rendent chez sa voisine, propriétaire d'une chienne cocker . L'animal présente les symptômes extérieurs de la maladie, or le certificat de vaccination est en règle. Reste à rencontrer la personne qui l'a vacciné... Il s'agit d'une jolie véto, très chic, Estelle Gaudefroy, dont les déclarations ne font que renforcer les doutes quant à la bonne conduite de son métier.

Un cocktail molotov a été lancé dans une synagogue. L'incendie qui a suivi a provoqué des dégâts matériels, mais n'a fait aucune victime. Cet incident provoque l'effervescence dans le quartier. La police doit rapidement retrouver les responsables de cet acte pour calmer les esprits. C'est Agathe qui se charge du dossier, ce qui lui permet de renouer avec sa religion. Alain, lui, cherche à mettre la main sur une bande de voyous, qui ont séquestré et torturé un jeune homme au domicile de ses parents pendant plusieurs jours. Mais Alain doit aussi gérer les frasques de son fils, pris en flagrant délit de chapardage...

Le client d'un garage accuse le mécanicien Johachim d'avoir mis en danger sa vie et celle des membres de sa famille en n'ayant pas réparé sa voiture comme il le fallait. Il finit par porter plainte... Rayann et Nadine mettent le doigt sur une affaire de trafic de pièces mécaniques. Roger Antoine, un vieux monsieur à la retraite, vient signaler la disparition de sa femme, Jocelyne, qui n'est pas rentrée chez elle après s'être rendue chez leur fille... Devant la mairie, on fête le mariage de Cora et Bernard, que ce dernier voulait pourtant cacher à tout le monde. Vincent est vexé de n'avoir pas été choisi comme témoin.

Une patrouille trouve un corps découpé en petits morceaux dans un caddie tiré par un vieil homme de type africain. Nadine et Bernard s'en chargent mais le vieil homme les intrigue, il n'accepte pas de révéler son identité et jure n'avoir tué personne. Il fi nit par révéler l'identité de la victime : Maurizio Mélita. Mais les choses se compliquent lorsqu'ils découvrent que ce vieil homme, Gilbert Moyaké, a en réalité deux femmes et que l'une d'entre elles entretenait une relation intime avec la victime.

Rayann intercepte le mystérieux appel d'un homme qui parle d'un viol commis sur une jeune fille. Cet homme veut parler au commissaire Bardon, prédécesseur de Meurteaux à la PJ Saint-Martin. Ils découvrent que l'homme parle en fait d'un viol qu'il pourrait bientôt commettre. Bernard reçoit la plainte pour vol d'une femme d'une quarantaine d'années, Prune Gagnac. Elle avait loué les services d'un strip-teaseur avec Juliette Letellier, une amie.

L'hôtel du Passage accueille décidément de drôles de personnes... M. et Mme Tarot, un couple d'hôteliers sans scrupules, accepte "d'héberger" des malades mentaux, placés dans l'hôtel par leur propre famille. Si Mme Tarot nie les faits, elle est très vite prise au piège par son passé d'infirmière en psychiatrie... Près du canal Saint-Martin, un petit garçon disparaît. Un SDF, Cosmo, est soupçonné d'être impliqué dans l'affaire, surtout lorsque la mère dit reconnaître le jouet de l'enfant dans le caddie du clochard. Mais Agathe et Rayann ont décidément bien du mal à trouver la moindre trace du petit garçon.

Bernard et Chloé, mandatés par le substitut du procureur à propos d'IVG suspectes, enquêtent sur une fille de 14 ans, Marine Henry, qui a demandé un avortement anonyme. Rayann reçoit la plainte d'une femme de soixante ans menacée au pistolet par Ludovic Abgrall, le fils de 17 ans de la famille pour laquelle elle travaille. Rayann enquête sur les relations du jeune homme.

Un fils, inquiété par une lettre de ses parents annonçant leur intention de se suicider, alerte la police. Bernard et Agathe se retrouvent sur les lieux, ils découvrent la mère morte par strangulation et le père endormi par des somnifères. Ludovic Mintrot, un jeune commercial, négociateur immobilier, vient porter plainte pour vol, coups et blessures lors d'une banale visite immobilière, mais, en réalité, il n'ose avouer ce dont il a réellement été victime : un viol. Rayann et Nadine enquêtent sur les deux agresseurs dénoncés par la victime.