Setelah diingatkan oleh iklan TV, Upin & Ipin membuat persiapan untuk tahun persekolahan baru dengan memastikan sama ada pakaian dan peralatan mereka masih elok. Mereka meminta Kak Ros supaya seluar koyak dan kasut buruk mereka diganti, tetapi Kak Ros menjahit seluar itu dan menyuruh adik-adiknya memutihkan kasut.

Pada hari keesokannya, Upin, Ipin dan kawan-kawan dikejutkan dengan bilik darjah yang baru diubah suai serba baru, dilengkapi tiga buah meja bulat besar yang boleh muat empat orang. Ini menyebabkan ramai murid yang merebut-rebut tempat duduk, sehingga Cikgu Jasmin terpaksa menentukan kedudukan mereka secara muktamad sebelum dia boleh menyampaikan taklimat tahun persekolahan baru dan mengedarkan buku-buku baru.

Hari pertama persekolahan kelas Cikgu Jasmin diserikan dengan permainan "teka siapa saya", yang mana para pelajar bermain secara berkumpulan dan cuba meneka apa yang diajuk oleh ahli kumpulan lain. Akhirnya, pada malam selepas pulang dari hari pertama, ketika Upin dan Ipin tengah membuat kerja rumah, Kak Ros meminta supaya buku-buku baru mereka dibalut supaya tidak rosak.

Tok Dalang mengajar Upin, Ipin dan kawan-kawan membuat layang-layang. Mereka semua dapat membuat sehelai layang-layang untuk diri masing-masing, kecuali Mail yang mengambil kesempatan untuk mencari barang niaga baru dengan membuat puluhan layang-layang untuk dijual kepada orang ramai. Tok Dalang berpesan supaya mereka pergi ke kawasan lapang untuk bermain kerana kawasan perumahan di kampung ada gantungan dawai elektrik yang membawa padah jika layang-layang tersangkut.

Di tengah keseronokan bermain layang-layang, Fizi mengambil kesempatan untuk beradu layang-layang siapa lebih tinggi bersama Ehsan, sehingga Ehsan terleka dan kehabisan benang, hingga layang-layangnya pun melayang. Tiba-tiba, seekor burung yang terlanggar layang-layang Fizi lalu terjatuh dari langit. Maka mereka semua berhenti bermain lalu membawa burung itu cepat ke Tok Dalang untuk dirawat. Keesokan hari, Tok Dalang membuat layang-layang baru untuk Fizi dan Ehsan.

Pada hari kemudian, Upin dan Ipin ke rumah Tok Dalang untuk menjenguk wau barunya dan burung dari kelmarin. Dalam cubaan melihat burung itu dari dekat, Ipin terjatuh dari bangku lalu merosakkan wau itu. Untuk mengubati kesedihan Tok Dalang, Upin dan Ipin bertungkus-lumus untuk membuat wau baru, tapi kemudian mereka dibantu oleh Tok Dalang sendiri. Selepas itu, Tok Dalang membawa mereka ke Pertandingan Wau untuk menerbangkan wau bulan buatan mereka bertiga.

Upin dan Ipin mencuba batu kisar tradisional setelah memerhatikan cara Opah mengisar kacang dengan alat itu, tetapi leka hingga bermain serbuk kacang. Selepas ditegur dan disuruh mandi oleh Kak Ros, mereka berdua berlumba-lumba ke arah bilik air sehingga Ipin, dengan tiba-tibanya tersandung pada ambang pintu dan jatuh sampai terluka.

Dengan kecederaan di kaki kanannya, Ipin tidak dapat bersekolah atau bermain di luar. Kawan-kawannya tumpang simpati dan menziarahi Ipin dengan membawa makanan khas untuknya. Akan tetapi, dengan kecederaan itu, Ipin menganggap diri sebagai 'tuan' dan memperhambakan Upin untuk mengambilkan dia benda-benda yang dihendaknya, apatah lagi melarang Upin menyentuh makanan yang dibawa oleh kawan-kawannya itu. Hal ini menimbulkan ketegangan antara Upin dan Ipin buat seketika tetapi akhirnya reda juga.

Walaupun kaki Ipin belum sembuh, namun Upin tetap membawanya keluar untuk bermain. Kawan-kawan mereka berpakat untuk bermain sorok-sorok tetapi kelumpuhan Ipin nyata mencacatkan keseronokan bermain. Oleh itu, Ipin terpaksa berehat di pondok dengan rasa jemu sementara yang lain-lain bermain dengan gembira. Akan tetapi, Ipin menyambut kehadiran seorang pengguna kerusi roda yang lumpuh seumur hidup dan memberikan nasihat kepada Upin, Ipin dan kawan-kawannya tentang betapa bernilainya tubuh badan mereka dan kepentingan keselamatan.

Ketika tercari-cari kartun kegemaran mereka dalam intisari rancangan dalam akhbar, Upin dan Ipin ternampak huruf-huruf besar pada muka hadapan surat khabar yang memperihalkan kejadian tanah runtuh. Selepas itu, mereka bermain capteh dengan kawan-kawan apabila mereka terlihat kepulan asap yang berpunca dari rumah yang terbakar. Keesokan hari, barulah mereka tahu bahawa yang terbakar sampai ranap itu rumah Ijat!

Upin, Ipin dan kawan-kawan melawat Ijat di rumah bapa saudaranya untuk bertumpang simpati. Pada waktu sekolah yang tidak dihadiri oleh Ijat yang meratapi kehilangan tempat tinggal, datangnya seorang tetamu istimewa bernama To' Wan yang berucap kepada murid-murid betapa bernilainya wang walau syiling 10 sen pun kepada orang yang memerlukan.

Ihsan ilham daripada ucapan To' Wan itu, Upin dan Ipin bercadang untuk mengadakan kutipan amal untuk Ijat sekeluarga. Dalam usaha murni itu mereka tidak gentar berdepan dengan warga yang tidak prihatin mahupun cuaca yang tidak mengizinkan, tetapi itupun sampai mengabaikan kesihatan diri. Setelah mereka berdua jatuh sakit, kawan-kawan mereka dan Kak Ros juga menyambung usaha mereka. Pada hari Ijat kembali bersekolah, dia dikejutkan dengan hadiah dan dermaan ikhlas daripada semua rakan-rakan sekelasnya.

Aidilfitri bakal menjelang, Kak Ros meminta Upin dan Ipin untuk membeli ramuan untuk dibuat kuih-muih sempena Hari Raya. Akan tetapi, perhatian adik-beradik kembar itu dialih oleh keasyikan mereka untuk bermain (mujurlah duit untuk membeli barang lupa diserahkan), dan kereta baru Salleh.

Atas desakan Upin, Ipin dan kawan-kawan, Salleh membawa mereka ke berjalan-jalan dalam kereta Proton Exora barunya ke sebuah pekan di mana si kecil itu menyaksikan beraneka tempat dan benda yang tidak pernah dilihat oleh mereka di kampung. Akan tetapi, gelagat si kecil kadang-kadang membuat Salleh hilang tumpuan sehingga nyaris kemalangan.

Upin dan Ipin tidak lupa untuk membeli ramuan kuih-muih yang dipesan oleh Kak Ros. Di kedai runcit, Mail menolong mereka untuk mencari barang-barang yang perlu dibeli itu, termasuk mencapai rak yang terlalu tinggi. Setelah membelinya, mereka dan Kak Ros bersama-sama membuat kuih-muih itu.

Upin dan Ipin membawa kuih raya yang dibuat semalam untuk dijual kepada kawan-kawan di tadika. Pada petang nanti, mereka terkejut apabila melihat Opah berkemas untuk pergi berumrah di Mekah lalu berasa sedih kerana akan beraya tanpa Opah di samping mereka.

Dalam kerinduan mereka kepada Opah yang hanya pergi sementara, Upin dan Ipin diajak oleh Ehsan untuk berbuka puasa di surau. Pada waktu petang, Upin dan Ipin tidak sabar bergegas ke perkarangan surau untuk menolong menyiapkan hidangan dan hiasan sempena kenduri buka puasa.

Hari Raya sudah tiba, dan kemuraman Upin dan Ipin terubat oleh majlis hari raya di rumah Ehsan, diikuti oleh satu malam bermain bunga api di depan rumah mereka sendiri bersama kawan-kawan, yang diserikan dengan satu kejutan istimewa, iaitu kemunculan Opah di kaca TV secara langsung dari Mekah untuk menyampaikan salam Aidilfitri kepada cucu-cucunya di rumah.

Upin, Ipin dan kawan-kawan gemuruh apabila mendapat tahu bahawa kempen bersunat akan diadakan. Mereka pergi berjumpa dengan Mail untuk mendengar kisah dia bersunat, tetapi Mail mengambil kesempatan untuk menakut-nakutkan mereka.

Pada keesokan hari, Tok Dalang membawa Upin dan Ipin pergi ke surau untuk bersunat. Untuk melegakan rasa takut mereka, Tok Dalang menceritakan betapa seronoknya upacara bersunat pada zaman dahulu. Setibanya di surau, Upin dan Ipin sudah hilang ketakutan akan bersunat apabila berjumpa dengan kawan-kawan mereka.

Mula-mula, Ijat melangkah masuk ke dalam bilik sunat, tetapi tiba-tiba berlari keluar dalam ketakutan, membuat budak-budak lain makin gemuruh. Seterusnya giliran Upin, tetapi pengalamannya dalam bilik sunat itu nyata tidak menyakitkan apabila dia bersembang dengan doktor sampai tidak perasan dirinya disunat.

Upin dan Ipin mengabaikan kasut sekolah mereka yang kotor untuk berseronok di kebun Tok Dalang. Di sana, mereka belajar bahawa pokok pisang hanya berbuah sekali dan perlu ditebang selepas berbuah. Sekembali mereka, mereka sudah tidak sempat mencuci kasut untuk sekolah esok kerana hari hujan menyukarkan kasut kering dengan cepat.

Bilik darjah Upin dan Ipin menyambut kedatangan Guru Besar yang garang sebagai guru ganti Cikgu Jasmin. Guru Besar ini amat tegas dalam hal disiplin dan tidak teragak-agak untuk memarahi dan menghukum sesiapa yang tidak kemas atau tidak bersedia. Hampir semua murid dimarahinya kerana tidak membawa buku yang sepatutnya, membawa mainan, berkasut kotor dan berkuku panjang (kesalahan Upin dan Ipin) dan sebagainya.

Upin dan Ipin tergamam mengenang detik dimarahi Guru Besar. Kak Ros dan Opah sekali lagi berpesan supaya mereka mencuci kasut mereka. Walaupun hari hujan lagi, mereka tetap bersihkan kasut, asalkan bersih untuk hari esok. Opah menjemput cucu-cucunya untuk memotong kuku sambil menceritkan kisah hidup Opah sewaktu berdepan dengan guru yang garang-garang belaka di bangku sekolah.

Upin, Ipin dan kawan-kawan menyertai latihan pendidikan jasmani yang diadakan oleh Cikgu Jasmin. Sesi pendidikan jasmani ini bermula dengan senaman, diikuti dengan bermain dengan alat-alat sukan. Ijat kurang berminat dengan senaman, tetapi beria-ria sangat untuk bermain. Ketika bermain tali loncat, kaki Ijat terseliuh lalu menyebabkan seluruh kelas menjadi kecoh di tengah padang.

Di akhir waktu bersukan, Cikgu Jasmin mengumumkan bahawa Tadika Mesra akan menganjurkan pertandingan Sukaneka antara kelas dan berpesan supaya cukup berlatih. Di rumah, Upin dan Ipin mencari gelang-gelang getah untuk bermain sebagai "sukan" bersama kawan-kawan pada waktu bermain petang.

Hari Sukaneka sudah tiba. Murid-murid Tadika Mesra dibahagikan kepada empat pasukan mengikut bilik darjah masing-masing, iaitu Aman (kelas Upin dan Ipin), Bahagia, Ceria dan Damai. Kelas Aman bersaing sengit dengan kelas-kelas lain dalam tujuh acara sukaneka yang beraneka ragam, sehinggalah kejuaraan keseluruhan ditentukan oleh seekor ulat.

Rumah tangga Upin dan Ipin dikejutkan oleh bil elektrik yang mahal sampai membuat Opah rebah. Kak Ros gusar dengan sikap Upin dan Ipin yang cenderung membuat tindakan yang membazir elektrik tanpa sedar.

Di tengah-tengah masa Upin dan Ipin membuat kerja rumah, tiba-tiba bekalan elektrik terputus sampai semua rumah kampung gelap-gelita. Mujurlah Kak Ros membuka lilin supaya mereka boleh menyiapkan kerja rumah. Sebelum tidur, mereka mencari keseronokan dengan membuat wayang bayang-bayang dengan cahaya dari lilin.

Keesokan hari di tadika, Upin, Ipin dan kawan-kawan mereka berkongsi pengalaman sewaktu bekalan elektrik terputus. Ada yang tidak dapat menyiapkan kerja rumah, maka cikgu berpesan supaya mereke menyiapkan kerja rumah awal-awal sebelum bermain.

Kak Ros menyuruh Upin dan Ipin membawa barang kepada Salleh. Upin dan Ipin tertarik apabila mendapati bahawa Salleh sedang menjalankan perniagaan hantaran perkahwinan secara Internet.

Atas desakan Upin dan Ipin, Salleh membawa mereka ke sebuah pusat beli-belah di pekan untuk menghantar hantaran-hantaran kepada para pelanggan.

Pada hari kemudian, Upin dan Ipin serta Susanti menolong Abang Salleh dengan kerja menyiapkan barang-barang hantaran.

Upin, Ipin dan kawan-kawan leka bermain ular dan tangga sehingga mereka disuruh oleh Ehsan untuk menyiapkan latihan matematik sementara para guru bermesyuarat. Apabila Cikgu Jasmin datang, dia menyampaikan satu kejutan khas buat murid-muridnya.

Murid-murid dikehendaki mengadakan persembahan "Kisah Gembala dan Serigala" di depan ibu bapa mereka sempena akhir tahun persekolahan. Yang mengejutkan, Ijat diberi watak pencerita, sementara Mei Mei tidak berpuas hati kerana mendapat watak biri-biri. Selepas waktu sekolah, mereka cuba membuat persiapan sendiri, tetapi Abang Salleh datang untuk menolong mereka semua dengan menempah busana yang cantik-cantik serta memperhalusi kemahiran Ijat bercakap. Mei Mei pun menerima watak biri-biri setelah dirangsang oleh kawan-kawannya.

Pementasan Tadika Mesra dibintangi oleh Jarjit Singh sebagai gembala yang suka membuat panggilan palsu yang menyusahkan penduduk kampung, sehingga akhirnya dia menerima padahnya apabila Mail si serigala mengganas biri-birinya. Persembahan berakhir dengan nasihat Upin dan Ipin kepada penonton supaya jangan suka memperdaya.

Ehsan menjemput Upin, Ipin, Fizi dan Jarjit ke pusat Internet yang baru dibuka di kampung untuk menonton video Sarjan Husin di Internet. Sambil menonton, Upin dan Ipin membayangkan diri mereka di tempat wira kegemaran mereka itu yang bertarung dengan gerombolan robot berbentuk telur.

Data robot telur dihantar ke makmal polis dan didapati intinya ada persamaan dengan robot yang dibina oleh Dr. Sally. Oleh itu Sarjan Upin dan Ipin pergi ke penjara untuk memisit penjahat itu tentang kejadian robot telur.

Setelah mendengar penjelasan Dr. Sally bahawa dia bukan pembuat robot telur, Sarjan Upin dan Ipin dipanggil untuk meleraikan satu lagi keganasan robot telur di bandar, tanpa menyedari bahawa dalang di sebalik robot itu berada di tengah-tengah huru-hara tersebut. Lebih rumit lagi, Dr. Sally telah pun terlepas dari penjara!

Sarjan Upin dan Ipin bergegas ke penjara untuk menyiasat bagaimana Dr. Sally terlepas dari penjara. Mengikut telahan Ipin, Dr. Sally dibantu oleh robot-robot ciptaannya. Setelah dibawa pulang ke markas, dia disambut oleh anak didiknya, iaitu Lisa yang sama berbakat dengannya.

Ipin mengimbau rakaman serangan dari cermin mata canggihnya untuk mencari seorang kanak-kanak perempuan yang mencurigakan. Setelah mengetahui bahawa gadis itu ialah anak didik Dr. Sally, Sarjan Upin dan Ipin dikejutkan oleh pengumuman daripada Dr. Sally kepada seluruh kota akan ancaman yang mendatang. Maka mereka bersama kawan-kawan bertindak dengan kenderaan serba baru.

Dr. Sally akhirnya muncul dengan robot gergasi barunya, maka Sarjan Upin & Ipin dan kawan-kawannya menggabungkan jentera-jentera mereka menjadi Metrobot untuk menumpaskan musuh mereka, sehingga telinga mereka dipulas oleh Kak Ros yang geram kerana terlepas waktu maghrib. Di meja makan, Opah dan Kak Ros menegur Upin dan Ipin supaya menggunakan Internet dengan baik dan tidak asyik bermain dan berseronok dengan teknologi tersebut.