「3カ月以内に原宿をプロデュースせよ！」。 学長から卒業試験の課題を与えられたトアたち。合格すればGirls²としてメジャーデビューを約束されるが、不合格の場合はなんと解散。いったい何をすればいいのか悩むも時間は刻々と過ぎていく。そんな中、廃刊寸前のフリーマガジン「原宿アイ」を手にしたトアは卒業試験の相談のため編集部に向かう。

廃刊寸前のフリーマガジン「原宿アイ」の編集者・御々多ナツの仕事を手伝う中で雑誌作りに興味を持ち始めたトアたち５人は、ナツの知り合いのフリーカメラマン・リョウスケが働く古着屋主催のショップコラボイベントに参加することに。テーマは「放課後コーデ対決」。いったいどんな対決に？そして対戦相手は！？

新たな雑誌「Girls Garden」を作る事で卒業試験の課題をクリアする事を決めたGirls²。どんな雑誌にするか悩む中でトアは「プチプラコスメ」をテーマにしたいと意気込む。学院のオープンスクールに来た子をモデルにしようと声をかけるも、ダンスのレッスンにきた年下の女の子（リナ）からは逃げられてしまい…。

「原宿ダンスコンテスト」のチラシを手にみんなで出ようと誘うキラだが、同一団体から出場できるのは１チームのみ。代表の座をかけて、学長が考案した３人１組のチーム編成で９人が火花を散らす！　特に熱の入るキラには、出場してどうしても勝ちたいライバルがいるようで…。 一方、学長室を訪れたナツはマナブに「あなたを許さない」と言い放つ。２人の関係とは！？

ついに学院は夏休み突入！　夏休みの話で盛り上がる私服のトアたちに元生徒会長のミサキはハメを外しすぎと注意する。そんな中、次号のアイデア出しとして怪談話を真っ暗な体育館でしていると「聖ガールズスクエア学院の七不思議」の話題に。調査しようと盛り上がるメンバーをよそにミサキは一人生徒会室に戻るも、踊り場で片方だけのダンスシューズを見つける。

ガールズガーデンの創刊号が遂に完成！　ナツがお祝いとして買ってきてくれた大好きなシュークリームにご満悦なモモカ。スイーツに目がないというモモカを「スイーツの女神」にしようとSNSを立ち上げたミナミたちのおかげで、モモカはインフルエンサーとして一躍有名に。クレープにパンケーキと、モモカの食べたスイーツの店は行列ができるほどになっていくが、当のモモカは現状にあまり気乗りしていないようで…。

人気のウェブメディア「CC」からファッションサイトのコラボ企画を提案されたGirls²たち。「女子でもバッチリ！イケメンコーデ」に合うモデルを探すもいい人が見つからない。そんな中、撮影の手伝いにきていたタクミを見つけ、今回のモデルにぴったりだと思うクレア。ナツが頼み込むとOKしてくれたタクミだが、どうやら自分に自信がないようで…。完全完璧なコーディネートはできるのか！？

謎解きにハマっているミナミとモモカ。ある日、ナツから借りた原宿の本に挟まれていたメモを見つけ、解読しようと原宿中を駆け回る！　たどり着いた一軒のカフェではナツそっくりの店員が働いており、不思議な縁を感じた二人はなんとアルバイトすることに！ 良い雰囲気のカップルをくっつけ恋のキューピッドになろうと画策するも些細な誤解から大変なことに！？

クレアのことが大好きなユズハは、ガールズガーデンの第２号に向けてデート企画を提案するも塩対応なクレアに却下されてしまう。みんなが白熱した議論をする中、ひとり他に意見もなく笑ってごまかそうとするユズハに「遊びのつもりならここから出て行ったら」とクレアは冷たく言い放つ。 一方、編集部のナツのもとに謎の男性・エイトがやってくる。昔馴染みとの再会に喜ぶナツにエイトは一大事業として「原宿ネバーランド」の計画を話し出す。

原宿に詳しい人を探し始めたガールズガールズたち。ユズハたちは「ロケンロール」と原宿を愛し、ごみ拾いをしているおじいさんことゲンに、トアはナツから紹介された花吹エイトに会う。今ではファッションにスイーツと話題の尽きない原宿だが、ゲンの口から語られる昔の原宿とは？　そしてエイトは自分の夢のために、ゲンにある頼みごとをしていて…。

ガールズガーデンの第２号の入稿作業も大詰めで大忙しなガールズガールズ。ナツも表紙のデザイン作業をしている中、「ガールズガーデン」だけでなく「原宿アイ」の問い合わせも増えてきていることに気づく。そんな中、以前ファッションモデルを担当してくれたタクミも人気の動画投稿者としてタレントとのコラボ動画をアップするほど活躍するように！ ガールズガーデンが完成しすべてが順風満帆に思えた頃、ガールズガーデンに盗作疑惑が出て…。

ネバーギブアップの精神をもとに、「原宿アイ」をプロデュースするため作戦会議を始めるトアたち。原宿でライブをしようと原宿中のお世話になった人たちに宣伝するもなぜか直前になって会場が使えないことに！　まさかの事態にガールズガールズたちはどう立ち向かうのか？　彼女たちの歌やダンスのパフォーマンスは原宿を変えられるのか？　盗作疑惑の行方は？　そして無事９人は卒業できるのか――。