Le père d'une adolescente, gymnaste de talent, est entraîneur bénévole dans une association sportive. Très fier de sa fille, il la pousse à se dépasser pour atteindre le plus haut niveau. Mais la jeune fille, enceinte, est bientôt victime d'une terrible agression. Elle reçoit des coups à l'abdomen. Les hommes de la police judiciaire, chargés de l'enquête, soupçonnent fortement une des rivales de la gymnaste, et tentent de rassembler des preuves. Par ailleurs, un fils de diplomate profite de son immunité pour racketter certains commerçants de son quartier. Pourtant, une de ses victimes finit par se venger...

Une bijouterie est attaquée. Le système de sécurité du magasin s'enclenche et la PJ est immédiatement prévenue de cette tentative de hold-up. Une unité est dépêchée sur place de toute urgence et parvient à faire échouer le braquage. Lorsque les policiers procèdent à l'arrestation du malfaiteur, ils découvrent qu'il s'agit d'une femme. Une enquête est ouverte pour déterminer les raisons de son geste et retrouver d'éventuels complices. Au fil de leurs investigations, les membres de la PJ en arrivent à soupçonner le mari de la prévenue, puis l'une de ses amies. Parallèlement, une autre équipe de la PJ enquête sur un appartement qui semble abriter une maison close...

Les flics de la PJ arrivent dans un immeuble d'où retentissent les cris d'une femme. On pense qu'un homme est en train de battre sa femme. Mais on découvre que c'est le mari qui est sérieusement blessé au visage. Et c'est son épouse qui le soigne. Qui bat qui ? Dans le même temps, une boutique de piercing a été sauvagement vandalisée.

Le fils d'Alain est victime de racket avec violence. Les flics de la PJ arrêtent le jeune racketteur. C'est l'occasion d'un face-à-face intense entre Alain et le père du racketteur. Alain est déchiré entre sa fonction de flic, qui doit rester objectif, et son rôle de père prêt à tout pour éviter que son enfant soit à nouveau menacé... Parallèlement, Bernard et Chloé essaient de prendre en flagrant délit un voleur de voiture.

Un pompier sauve un retraité des flammes, mais il est bientôt soupçonné d'en avoir profité pour lui dérober un objet précieux. Fournier et Bernard doivent enquêter avec tact pour éviter de pourrir les rapports entre policiers et pompiers. Alain, Nadine et Chloé enquêtent, eux, sur un maniaque sexuel qui traque une actrice qui fait du porno sur internet.

Une fillette, garçon manqué, crève les pneus d'une voiture de flics. Les policiers comprennent qu'elle a fait cela parce que la voiture était garée sur une place réservée aux handicapés. Malheureusement, sa description ressemble à celle d'un enfant qui aurait récemment agressé une dame.

Dans un quartier sensible, un tireur embusqué s'en prend à des jeunes. La police ouvre une enquête. Les interrogations ne manquent pas : outre l'identité du tireur, ils cherchent à connaître ce qui motive sa sinistre entreprise. Les jeunes faisaient-ils trop de bruit ? Etaient-ils en train de commettre un délit ? Ils découvrent bientôt que leur homme se prend pour un justicier solitaire, désireux de réparer ce qu'il considère comme un manque d'efficacité de la part de la police. Nadine et Bernard, quant à eux, tentent de venir en aide à une jeune femme arrêtée en état d'ivresse, qui leur révèle qu'elle a «égaré» son bébé au cours de la nuit...

Deux chanteurs de rue agressent une malheureuse mendiante qui leur aurait volé le produit de leur quête. Bernard et Chloé enquêtent et finissent par appréhender la mendiante, une femme au profil atypique : mère de famille bourgeoise, elle a récemment tout plaqué, et son compagnon, tout aussi mystérieux, est victime d'un sombre règlement de comptes avec des Roms. La PJ doit parallèlement enquêter sur une prise d'otages à la pharmacie de l'hôpital, où les agresseurs voulaient se fournir en drogue. Vincent ne tarde pas à focaliser ses recherches sur un infirmier, père d'une toxicomane...

Dans une cité, un affrontement entre bandes rivales sème la terreur dans le quartier. De coups de feu en échauffourées, la tension monte. Bientôt, la police interpelle le meneur de l'une des bandes. Mais les caïds du gang adverse décident de faire justice eux-mêmes : ils prennent la PJ d'assaut, déterminés à tirer leur ennemi de sa cellule pour lui faire passer un mauvais quart d'heure. Au même moment, Agathe s'interroge : elle a en effet trouvé une cassette vidéo montrant les ébats de deux adolescents. Qui a filmé les jeunes gens ? En interrogeant l'adolescente de la cassette, elle découvre qu'un chantage est peut-être à l'origine de la vidéo amateur...

Une employée de la Caisse d'allocations familiales a été agressée par un inconnu. Vincent et Agathe s'occupent de l'affaire. Par ailleurs, Franck enquête sur un cambriolage commis chez une juge. Contre toute attente, il confond rapidement le coupable...

Un cocktail Molotov a été lancé dans une synagogue : lors de la première fouille, Agathe trouve une bouteille remplie d'essence. Dehors, les membres de la communauté israélite manifestent leur inquiétude. Le service de renseignements de la police dispose d'informations sur un homme d'extrême droite récemment sorti de prison. Le rabbin de la communauté rend visite au commissaire Meurteaux puis Agathe et Chloé discutent un peu avec lui, un élève de l'école juive a été agressé récemment. Alain et Nadine reçoivent au commissariat Guillaume Lagrange, un jeune homme qui a été enlevé et torturé dans l'appartement de ses parents. Ils se rendent ensuite à l'appartement, Guillaume n’est pas tranquille car il a été menacé.

Après avoir erré durant trois jours dans les catacombes, sans lumière ni nourriture, un étudiant arrive enfin à trouver une sortie. Il explique à Bernard et Alain qu'il a participé à une fête et pense avoir été victime d'un règlement de comptes entre étudiants. Alain va explorer les catacombes à son tour pour retrouver l'organisateur des soirées souterraines. Par ailleurs, les inspecteurs de la P.J. Saint-Martin sont appelés sur le chantier d'un appartement où un cadavre a été découvert. Franck et Nadine pensent d'abord à une querelle de voisinage qui aurait mal tourné, avant de réorienter leur enquête...

La présidente d'une association féministe a été agressée alors qu'elle faisait signer une pétition contre un employeur sexiste. Au cours de l'enquête, Vincent et Alain apprennent que la jeune femme n'a que peu d'amis et que nombreuses sont les personnes qui auraient de bonnes raisons de lui en vouloir. De leur côté, Agathe et Bernard enquêtent sur un accident de la circulation. Ils recherchent le conducteur de la voiture incriminée, qui a pris la fuite. Ils croient enfin mettre la main sur le chauffard, un homme déjà condamné pour infraction routière. Mais les choses se compliquent quand ils découvrent que l'épouse du suspect, et utilisatrice régulière de sa voiture, mène une double vie...