梁渝两国在大梁边境甘州鏖战，大梁补给已断绝数十天。长林府世子萧平章率部奋战间隙，部将来报尚无援军迹象，恐难再挡进攻，劝萧平章撤离。萧平章不愿做长林军旗下的逃兵。四个月前的琅琊山上，萧平旌被罚潜入碧潭底捞寒晶石，正与小童嬉闹。萧平章来到琅琊阁，拿到了他前些时日所求问题的答案。与小弟萧平旌匆匆一晤便要启程。金陵城内，大殿之上梁帝与长林王爷萧庭生及众大臣议事。梁帝仅凭萧庭生一句推测便赐他兵符为长林军增援，此举引得皇后的胞兄、内阁首辅荀白水不满。负责军资调度补给的中书令宋浮担忧梁帝体衰而太子年幼，恐长林府功高欺主，暗示荀白水自己将有所动作。萧平旌送兄长下山，萧平章教导他要担起王府重担，平旌怀疑此次战局凶险。夜晚梦见兄长受伤，平旌心内不安，便在琅琊阁内四处打探消息，得知军资补给半路沉船，立刻下山去寻兄长。萧平章率部血战身受重伤。萧庭生和援军及时到来，虽守住了甘州，却看出北境隐患重重，着上报梁帝。梁帝得知萧平章受伤震怒，质问荀白水和宋浮为何甘州断绝补给整整一月。

林奚年纪虽小但心沉手稳，为萧平章取出箭头。萧平旌为自己言语冲撞了她道歉，林奚不为所动。萧庭生与黎堂主说起陈年旧事，原来平旌小时候曾有过一门娃娃亲。长林王府父子三人均觉补给沉船事出可疑，父兄二人想隐藏长林身份，便派在琅琊阁受教的平旌去大同府探查一二。扶风堂的人受沉船事故殃及，黎堂主便派林奚也前去调查。荀白水怀疑宋浮造成三船沉没堵塞河道，是为了勾结外族，宋浮坚绝否认。荀白水让他把沉船后事收拾干净。

金陵宫城内，上师濮阳缨为太子元时驱邪治病，太子病情有所好转，荀皇后甚是满意。濮阳缨出宫遇到宋浮和荀白水，他故意说宋浮运数衰微，宋浮心中惧怕。莱阳府小侯爷萧元启外出游历，救下了被追杀的的三个济风堂大夫和官运船老大，领着他们混入大同府城中隐匿，管家阿泰非常惶恐，担心小侯爷的安危。萧平旌和林奚到达大同府，发现城内官兵对中年男性盘查甚严，济风堂也因除了意外正在歇业，附近还有密探监视。平旌独自夜探大同府衙，被府中的秦师爷觉察，打斗难分胜负幸得林奚相助脱身。林奚发现秦师爷掌风擦过之处，平旌的衣服竟然像被烧过一样，两人判断出那位师爷乃琅琊榜武功排名第四的段桐舟。同在大同府府衙探看的萧元启尾随平旌到了他的临时住处，告知平旌他那里藏着沉船一事的人证。段桐舟分析逃脱的那个年轻人可能是北境派来的人，招来钱参领问询城内是否出现过可疑的人，得知萧元启的车马未经搜查就进了大同府，怀疑是他藏匿了证人。长林府父兄二人安排老王爷的心腹元叔与齐州善柳营参将纪琛前往大同府协助平旌押解人证物证。段桐舟安排人前往莱阳小侯爷的居所搜查未找到人证，便加紧了对出入济风堂人员的监看，他的心腹发现一处废弃的酒坊可能藏匿了人证，段桐舟让钱参领立刻率精锐前去缉拿，并让手下人杀张府尹灭口。平旌为了试探张府尹公开身份来到府衙，搭救了张府尹。元启带手下前去酒坊护卫人证，第一次提刀杀人。林奚到府衙给平旌报信，两人牵着被缚的张府尹赶到酒坊要求府衙的人退出。相持之时，善柳营的纪将军和元叔率领的长林府兵赶到，接管了现场了。段桐舟决定逃脱，但先杀死了钱参领。

证据被毁，平旌下河底去探查那只没被捞起的船骸，拆下一块船板带回了新的物证，并且断定要揪出京城的幕后黑手关键在于张府尹。段桐舟觉张府尹办事不力，暗中买通钱参领，让他留意宋浮与张府尹的往来文书是否已经销毁。萧平旌去府衙打算敲打张府尹让其自首，在前厅久候不见张府尹出现。段桐舟毁了从钱参领手里拿到的张府尹和宋浮的文书，并暗中派人去将张府尹灭口。萧元启带着自己的小队人马赶去酒坊拦住了段桐舟，称此地为自己置业，不许段桐舟入内，双方混战。萧平旌救了张府尹，并带着他和前来报信的林奚一起赶到酒坊，以府尹之名令官兵停手。段桐舟颠倒黑白，称府尹被劫持令官兵营救。双方僵持不下之时，元叔和参将纪琛带善柳营赶到掌控了局面。段桐舟逃走之际杀了钱参领。萧平旌萧元启一行与纪琛的善柳营一同押送张府尹进京，林奚随行。夜晚扎营，萧元启因第一次杀人心有余悸，萧平旌宽慰他。平旌对段桐舟生死关头杀死钱参领的行为一直记挂在心里。

纪琛将张府尹囚车安排在一处易守难攻的地界并用毡布掩盖，而张府尹自被抓起便一言不发。段桐舟深夜来袭，一击即中张府尹囚车。萧平旌早已将张府尹转移，他一直怀疑段桐舟只杀参领不杀张府尹是留有后手，在押送队伍里有帮手，这人就是纪琛。纪琛贪恋军功与朝中人勾结，当初若甘州失守，他所在的齐州正好可与奔波而来大渝残兵相抗，胜而得功。段桐舟欲逃走被平旌和赶来支援的大嫂蒙浅雪生擒，蒙浅雪带来的长林王府精兵锁拿善柳营。萧平旌这才醒悟过来原来父亲早已知道缘由，却对自己隐瞒一起，气愤不已去找林奚评理。蒙浅雪看着二人心生欢喜。众人回到金陵，萧平旌在家听父亲训导，萧元启也被母亲责怪不该涉险朝中之事，林奚回到了金陵扶风堂，才知道黎堂主已经离开金陵，并让她留下照看济风堂。宋浮入狱，梁帝向萧庭生感慨自己精力不济识人不明，萧庭生劝慰梁帝要保重身体。朝阳殿内，吴都尉向梁帝禀报大同府沉船一案宋浮俱已招供，唯独不认和纪琛合谋掠夺军功。