Une banale aventure d'un soir tourne au drame pour le commissaire Moulin. Cette superbe femme, Patricia, qu'il a aimée une nuit, est juge d'instruction. Elle tombe follement amoureuse de Moulin, et le harcèle, allant jusqu'à mettre en danger la vie de Sam. Moulin tente de cacher cette liaison. Lorsque Patricia est assassinée, tous les soupçons se portent sur Moulin. Son calvaire se termine en prison. Grâce à Guyomard, il s'évade lors de la reconstitution du crime, et se retrouve seul pour tenter de découvrir le véritable assassin.

En effectuant un banal reportage, Sam est témoin d'une tuerie. Le tueur l'identifie et tente de supprimer ce témoin gênant. Moulin, qui est séparé de Sam depuis un an, doit assurer sa protection, sous le toit de l'homme qui partage maintenant sa vie. Tout en la protégeant et en cherchant à identifier le tueur, Moulin mène un autre combat : reconquérir celle qu'il n'a jamais cessé d'aimer.

Drame personnel pour Moulin : Morgane, la petite-fille de son ami Paulo, est retrouvée morte dans son appartement. Moulin promet de retrouver l'assassin et lance son enquête. Ses investigations le mènent dans le milieu du film porno. La jeune victime, que tout le monde croyait une sage étudiante, était tombée dans les griffes du cynique producteur Schneider et de son bras droit : Moretti. Moulin obtient le feu vert de sa hiérarchie pour démarrer une opération d'infiltration dans le milieu… Mais quelle n'est pas sa surprise lorsqu'il découvre que Moretti, son principal suspect, est un flic de l'OCRTEH (la « police des putes »), infiltré depuis plusieurs mois pour faire tomber Schneider ! Moretti a-t-il franchi la ligne et basculé du côté des voyous ? Moulin refuse de le croire…

Le jour où Moulin s'est enfin décidé à se marier avec Sam, la femme de sa vie, le voilà embarqué dans une prise d'otages! Obligé de passer à la PJ en catastrophe pour récupérer les alliances oubliées par Guyomard, le commissaire Moulin tombe nez à nez avec un gang de fous armés. Ces derniers sont en fait les parents d'enfants victimes d'un dangereux pédophile, Sigura, qui vient d'être arrêté et attend son transfert vers la prison. Les revendications des preneurs d'otages sont claires : ils veulent la peau de Sigura, et le faire parler pour faire tomber son réseau. Ni la persuasion, ni la force ne semblent avoir raison de leur détermination. Ces parents sont désespérés et à ce titre, peuvent se révéler très dangereux…

Nicolas, un collégien de 16 ans, dérobe le revolver de son père brigadier de police et abat un élève en pleine classe. Au commissariat, Nicolas se réfugie dans le mutisme. Moulin n'obtient des informations qu'en interrogeant son meilleur ami. Il découvre alors qu'au collège, Nicolas était victime de racket. Simultanément, une mère de famille convaincue que son fils Julien est victime des mêmes racketteurs vient demander l'aide du commissaire Moulin. Un plan est alors élaboré, et les deux racketteurs sont pris en flagrant délit. Mais ces derniers semblent bénéficier de la protection de délinquants plus âgés, qui n'hésitent pas à menacer les surveillants. L'arrestation musclée d'un seul des racketteurs va mettre Julien en réel danger. Une fois l'écheveau des apparences démêlé, une vérité dérangeante va enfin éclater!

Francis Hellmann, commissaire à la très prestigieuse Direction de la Sûreté du Territoire, souhaite rencontrer Moulin pour lui parler d'une affaire urgente. Tous deux se connaissent bien : ils ont été camarades de promotion et se sont revus à diverses occasions depuis la fin de leurs études. Malheureusement, Moulin doit écourter leur conversation à cause d'un empêchement de dernière minute. Le soir même de ce rendez-vous manqué, Francis Hellmann et son épouse sont assassinés devant leur fils autiste de huit ans, Jérémie. Incontestablement, Hellmann avait quelque chose à révéler à son vieil ami. Des faits suffisamment graves pour que quelqu'un veuille l'empêcher de parler…

Un soir dans une rue de Paris, un homme, visiblement au bout du rouleau, se suicide. Il s'agit d'un flic. Parmi ses collègues les plus éprouvés par ce drame, une jeune « fliquette » gardienne de la paix, totalement investie dans sa mission. Déprimée, elle se confie à Moulin et parle de perte de confiance, de déni de sa hiérarchie, des graves interrogations que lui pose sa fonction. Quelques jours plus tard, la jeune fille est violée et tabassée par un trio de voyous. Moulin va donc mener l'enquête. Mais derrière sa quête des coupables, une idée l'obsède : défendre l'honneur de la police.

La fille du commissaire Moulin est fiancée à un vétérinaire qui milite contre l'expérimentation animale. Ensemble, ils mènent des opérations commando dans les laboratoires de recherche pour libérer les animaux enfermés dans des cages. Au lendemain de l'une de ces descentes, un scientifique est retrouvé assassiné. Les soupçons tombent assez rapidement sur le fiancé, qui peine à justifier son alibi. Le commissaire Moulin, bonne âme, essaie de trier le vrai du faux tout en protégeant sa fille des possibles retombées de l'enquête. Certains indices semblent néanmoins accabler l'amoureux transi. Moulin a toutes les peines du monde pour innocenter le prévenu.