Avec ses 1 000 kilomètres, la Loire est le plus long fleuve de France. De sa source dans le Massif central jusqu'à l'océan Atlantique, cet épisode suit les aventures d'hommes et de femmes de la région : artisans, gardiens des savoir-faire, défenseurs du patrimoine ou bateliers renouant avec la grande histoire de la navigation fluviale. Dans le parc du château royal d'Amboise, Ianek Kocher restaure la chapelle Saint-Hubert, chef d'œuvre gothique, où repose Léonard de Vinci. Aux sources de la Loire, au pied du mont Gerbier de Jonc, Erwan Balança et Yves Fagniart partent pour une aventure le long du plus grand fleuve de France. Les deux naturalistes cherchent à photographier et à peindre les animaux du fleuve.

Promenade sur les chemins oubliés du Pays basque, à la rencontre de passionnés qui redécouvrent des sentiers délaissés, font revivre de somptueuses villas abandonnées, remettent au goût du jour des saveurs locales ou perpétuent la mémoire de pages d'Histoire. Nicolas Watteau prépare un nouvel itinéraire de randonnée sur l'historique route des Mousquetaires. Le jeune historien Kevin Laussu fait revivre l'âge d'or de l'architecture balnéaire de la côte basque. Le dessinateur Marko prépare une bande dessinée sur un réseau de passeurs entre la France et l'Espagne, qui ont emprunté les chemins de la liberté de la Seconde Guerre mondiale. Le chef étoilé Cédric Béchade s'est lancé un défi : remettre à l'honneur des produits oubliés du Pays basque.

En France, chaque année, 500 000 objets sont pillés lors des fouilles archéologiques. Les églises, les cathédrales, les basiliques ne sont pas épargnées non plus. Un trafic mondial aussi lucratif que celui des armes et de la drogue. Pendant deux ans, "Des racines et des ailes" a suivi des archéologues, des experts et des conservateurs qui traquent sans relâche les pilleurs et les faussaires. Dans le sud de la France, Xavier Delestre, conservateur à la DRAC, se bat pour préserver du pillage les 36 000 sites archéologiques de la région PACA. Son travail permet de retrouver les objets volés, proposés à la vente sur internet, et de les restituer. En Méditerranée, l'archéologue Franca Cibecchini dirige des fouilles d'urgence destinées à sauver les trésors d'une épave, le Fort Royal, échoué il y a plus de 2 000 ans au large de Cannes.

À Besançon, capitale française de l'horlogerie, Nicolas Prêtre est l'héritier d'un savoir-faire transmis de père en fils depuis sept générations. Il achève la restauration de deux chefs-d'œuvre, l'horloge des Heures du Monde du Grand Palais, à Paris, et l'horloge astronomique de la cathédrale Saint-Jean, à Lyon. Jean-Baptiste Stroebel, guide dans le parc naturel régional du Haut-Jura et photographe, se lance sur la piste de l'animal mythique de la région : le lynx. Dans le Haut-Jura, Aurélie Gros transmet aux jeunes de son atelier le savoir-faire des virtuoses lapidaires qui, depuis quatre siècles, taillent des pierres précieuses pour les plus grandes maisons de joaillerie. À Salins-les-Bains, le chef cuisinier Fabrice Piguet s'est lancé le défi de relancer la fabrication de la fleur de sel, l'or blanc de la région.

Carole Gaessler est en Ardèche, réputée pour ses gorges impressionnantes, ses villages nichés au creux des vallées et ses montagnes dominant la vallée du Rhône. Après douze années de travaux titanesques, Patricia Demangeon a réussi à restaurer la forteresse médiévale de Hautségur. Florian Descours, un jeune chef cuisinier, se distingue en privilégiant les produits locaux. Il prépare un barbecue gastronomique dans un restaurant éphémère proposé par Laure Colombo et son mari Dimitri. Ce jeune couple de viticulteurs déborde de projets pour travailler de manière naturelle sur leur domaine. En collaboration avec Brice Lemaire, ingénieur agronome, ils ont installé un grand nid artificiel pour attirer les oiseaux au cœur de leurs vignes.