Em 30 de março de 2006, partiu para a Estação Espacial Internacional (ISS) a bordo da nave russa Soyuz TMA-8, com oito experimentos científicos brasileiros para execução em ambiente de microgravidade. Retornou no dia 8 de abril, a bordo da nave Soyuz TMA-7. Com o feito, Pontes tornou-se o primeiro brasileiro e quinto latino-americano a ir ao espaço
