Thomas Chevalier, qui a toujours du mal à s'adapter à sa nouvelle vie à Marseille, voit dans une affaire l'opportunité de briller et d'espérer pouvoir rentrer à Paris. Pendant le transfert du Codex de Constantinople à Notre-Dame de la Garde, un individu dérobe le manuscrit et tue un gardien avant de s'enfuir en base-jump.
L'équipe est chargée de retrouver la relique et sauver ainsi l'honneur de la ville...
