Álvaro Mondego, un noble venido a menos acusado de graves delitos contra la moral, se ve obligado a cumplir una misión para la Corona con el fin de evitar la horca: viajar a las costas del norte e infiltrarse en la tripulación del capitán Bocanegra, un corsario que se ha rebelado contra el Rey y que, desde su guarida en una inexpugnable isla de la región, se dedica a saquear los barcos españoles. A la vez y a partir de ese instante, dos mujeres de caracteres y formas muy distantes se cruzan en su camino: por un lado Blanca Díaz de Andrade, la esposa del Intendente de Madrid, destinado a la zona para supervisar la discutible labor del intendente provincial frente a los piratas; y por otro Carmen Bocanegra, hija del capitán del Alacrán, una ruda y deslenguada pirata que en ocasiones también es capaz de exhibir su lado más femenino.

A pesar de no contar con la confianza del receloso capitán pirata, Mondego es elegido para liderar una misión con escasas opciones de prosperar: facilitar al resto de la tripulación el acceso a la Fortaleza, obtener la información necesaria para perpetrar el robo de la recaudación de los impuestos locales y, de paso, poder liberar al viejo Espinosa, que fue lugarteniente del pirata Yáñez El Sanguinario. Sin embargo, el noble, que poco a poco va consiguiendo empatizar con Carmen Bocanegra, decide aprovechar la ocasión para escapar a Avilés en busca del paradero de Nuno Yáñez de Oliveira, padre de Esteban y antiguo pirata conocido como El Sanguinario que posee una parte del mapa del tesoro. Lo hará flanqueado por el propio Esteban, que se niega a aceptar que su padre, honrado y devoto sastre, hubiera podido practicar la piratería en otro tiempo, y Antón, que continúa planeando el modo de vengar la muerte de su padre a la vez que descubre, oculto en los aposentos de Bocanegra, dónde se encuentran las tres partes que componen el mapa del tesoro. En la Fortaleza, Blanca Díaz de Andrade llora la muerte de su marido y su hijo, mientras el Intendente Gaspar Falcón organiza la recepción del recaudador de la Corona y prometido de Victoria, que trae consigo los impuestos de toda la provincia. A la vez, Elvira, esposa del Intendente, padece una extraña enfermedad que parece empeorar por momentos.

La alianza entre el intendente Falcón y Bocanegra se ve interrumpida después de que el capitán pirata se haga con el botín correspondiente a los impuestos de toda la provincia y Falcón consiga detener a su hija, Carmen Bocanegra, a la que está sometiendo a torturas. Los piratas están dispuestos a rescatarla poniendo en marcha un plan que, a ojos de Mondego, está abocado al fracaso. Sin embargo, se ve implicado contra su voluntad en dicha empresa. Por otra parte, Antón y Esteban se plantean robar la parte del mapa del tesoro que Bocanegra guarda en su camarote. En la Fortaleza, mientras se llevan a cabo los preparativos para el funeral de la esposa de Falcón, Blanca decide investigar las extrañas circunstancias que han rodeado a su muerte.

Mientras los piratas celebran por todo lo alto la liberación de Carmen, Falcón pone en marcha un plan para devolver el golpe aprovechando la situación de descontrol que reina entre la tripulación. Mondego, que ha conseguido reunir dos de las tres partes que componen el mapa del tesoro de Yáñez el Sanguinario, presencia perplejo cómo su búsqueda sufre un duro revés, al igual que sus intentos por conquistar a la hija de Bocanegra. En la Fortaleza, el duelo de honor entre el recaudador de la corona y Malvar está a punto de celebrarse. Por su parte, Blanca se debate entre vengar la muerte de su marido acabando con la vida del intendente o huir. Decidida a tomar el camino de regreso a Madrid, se ve sorprendentemente retenida por los guardias de la Fortaleza por motivos de seguridad.

Tras recibir el encargo de entregar a Su Majestad la carta en la que Doña Blanca denuncia los abusos de Falcón, Mondego se ofrece voluntario para viajar a Madrid con la excusa de vender a un tratante de joyas unas esmeraldas incautadas a un barco inglés. Estrechamente vigilado por Fosco, el noble tratará de cumplir con su verdadero cometido y hacer llegar la misiva al rey. En el camino, Mondego y Fosco deberán esquivar las patrullas destinadas por el intendente en la zona, así como a un misterioso asesino que les sigue los pasos. Por otro lado, Bocanegra continúa intentando desenmascarar a los traidores que han conseguido reunir dos de las terceras partes del mapa, ahora en su poder. En la Fortaleza, Falcón saborea su victoria sobre los piratas: es el momento de reafirmar su posición ante el rey y disipar todas las dudas que penden sobre él desde la extraña muerte del marido de Doña Blanca.

Tras llegar a Madrid acompañado por Fosco y con la excusa de vender las esmeraldas de Bocanegra, Mondego acude a las dependencias del intendente de la capital para entregarle la carta en la que doña Blanca denunciaba los abusos de Falcón en Galicia. Una vez allí, el joven noble será detenido después de ser reconocido por el propio intendente como el hombre que mancilló su honor manteniendo a sus espaldas una relación con su esposa. Temeroso de que la infidelidad de su mujer pueda salir a la luz, el intendente Diego Salgado trata sin éxito de evitar el juicio popular a Mondego. Mientras, Fosco, que ha descubierto que el noble se ha hecho con las esmeraldas, pergeña un plan con Tirso, antiguo criado del joven, para rescatarle. En Galicia, Esteban y Antón orquestan un motín contra Bocanegra. Con toda la tripulación amotinada y con el único apoyo de su hija Carmen, el capitán decide convocar una prueba de hombría para elegir al nuevo jefe del Misericordia. Por otro lado, en la Fortaleza, doña Beatriz organiza un plan que permita a doña Blanca distraerse y olvidar los traumáticos acontecimientos que la han rodeado últimamente.

La búsqueda de la tercera parte del mapa que conduce al tesoro de Yáñez el Sanguinario, en poder de Espinosa -su antiguo lugarteniente-, propicia que Falcón recurra a Bocanegra para localizar al viejo bucanero entre un grupo de presos. Acompañado por Malvar y un destacamento de la Fortaleza, Falcón pugnará con Bocanegra por llegar lo antes posible hasta una cantera abandonada conocida como la Boca del Infierno, lugar en el que según Espinosa se encuentra el oro de Yáñez. Mondego, conocedor de los planes del capitán, les seguirá los pasos. Entre la tripulación, Antón reta a Puñales a un duelo, harto de las provocaciones a las que el pirata le somete. Mondego será el peculiar maestro de esgrima del pequeño. En la Fortaleza, doña Beatriz propone a doña Blanca visitar la sastrería del pueblo. La noble acepta acompañarla con un objetivo: restablecer la confianza de la madre del intendente para aprovechar la próxima ocasión que tenga para huir.

Con las tres partes del mapa en su poder, Bocanegra decide partir -acompañado por Mondego, Carmen, Esteban y Puñales- hacia el lugar en el que poder descifrar la ubicación exacta del legendario tesoro de Yáñez el Sanguinario. Antes de iniciar la operación, dará orden a uno de sus colaboradores de que elimine uno a uno al resto de los miembros de la tripulación que permanecerán en el campamento. El capitán pirata liderará la expedición hacia una ermita en la que se encuentra la Cruz de San Lázaro, capaz de proyectar sobre el mapa un rayo de luz solar que a una determinada hora del día señalará el punto exacto en el que el viejo Yáñez ocultó el tesoro. A su llegada, descubrirán que la cruz ha sido trasladada a un monasterio que acoge a los enfermos de lepra en la región. Sólo un milagro les permitiría hacerse con el crucifijo. En el campamento, Antón, que ha decidido quedarse con el objetivo de acabar con la vida de Fosco y vengar así la muerte de su padre, descubre la existencia de un traidor entre la tripulación. Sin la protección de Mondego y Esteban, la vida del joven correrá un serio peligro. Mientras tanto, en la Fortaleza, Victoria, presa de los celos tras presenciar como el capitán Malvar se ha declarado a doña Blanca, pone en marcha un particular plan de venganza de impredecibles consecuencias para ambos.