La strage alla Banca Nazionale dell'Agricoltura a Milano, il 12 dicembre 1969, è il punto d'inizio della "strategia della tensione". Zavoli ripercorre l'iter delle indagini (subito viziato da depistaggi), con il coinvolgimento degli anarchici Valpreda e Pinelli e la morte mai chiarita di quest'ultimo, fino all'imputazione dei neofascisti Freda e Ventura.

La seconda puntata ripercorre la storia degli anni '60 in Italia attraverso alcuni avvenimenti salienti: le Olimpiadi di Roma, il governo Moro, le vicende del Generale De Lorenzo, l'alluvione di Firenze. Ospiti in studio i deputati Federico DAmato, Massimo Teodori, Tina Anselmi, Giacomo Mancini, Luciano Lama, Pino Rauti, il senatore Umberto Capuzzo e Stefano Delle Chiaie, esponente della destra radicale.

La puntata si concentra sugli anni Sessanta, e in particolare sul biennio '68-'69, segnato dalla contestazione giovanile nelle università e dall'autunno caldo nelle fabbriche: un'epoca di modernizzazione per l'Italia, ma anche di forti rivendicazioni politico-sociali e di altrettanto forti rigurgiti reazionari.

Il 16 aprile 1970 un messaggio trasmesso con una clamorosa interferenza nel segnale televisivo segnò la nascita delle Brigate Rosse. In questa puntata vengono ripercorse le azioni del primo nucleo armato delle BR, anche attraverso l'intervista ad uno dei fondatori dellorganizzazione terroristica, Alfredo Buonavita.

Al centro della puntata, la "prima generazione" delle BR, quella degli inizi degli anni Settanta: l'ideologia, la scelta della lotta armata, il tentativo di inserirsi nelle fabbriche e nelle lotte sociali, i covi, le armi, la raccolta di informazioni, il dibattito interno. Una militanza che già nel 1974, a Padova, semina le prime vittime.

In questa puntata Zavoli si sofferma sulle motivazioni storiche, psicologiche e sociali all'origine, tra gli anni Sessanta e Settanta, dei gruppi terroristici ed eversivi di estrema destra in Italia, la cui azione culminò il 7 dicembre 1970 nel tentativo di golpe condotto dal principe Junio Valerio Borghese.

La puntata, intitolata "Attacco alla magistratura", parte dal rapimento del magistrato Mario Sossi, sequestrato dalle BR il 18 aprile 1974, sul quale viene intervistato Alberto Franceschini, ex membro dellorganizzazione terroristica. Si raccontano poi le vicende dell'omicidio dei magistrati Francesco Coco e Vittorio Occorsio, quest'ultimo vittima del terrorismo di estrema destra.

La strage di Piazza della Loggia (Brescia, 28 maggio 1974) e quella dell'Italicus (3-4 agosto 1974, San Benedetto Val di Sambro) sono alcuni fra i più gravi attentati verificatisi negli anni di piombo ad opera di vari esponenti del neofascismo italiano. Viene intervistato in merito Vincenzo Vinciguerra, ex membro dei movimenti Avanguardia Nazionale ed Ordine Nuovo.

La puntata è dedicata al movimento del '77, un movimento spontaneo, nato principalmente all'interno della sinistra extraparlamentare, che osteggiava il sistema dei partiti e dei sindacati. Viene intervistato il filosofo, sociologo e politico Toni Negri, fondatore di Potere Operaio e leader di Autonomia Operaia.

Prima di tre puntate dedicate alle vicende del rapimento di Aldo Moro: in questa prima parte, i filmati dei sopralluoghi in via Fani, le interviste di Marrazzo coi testimoni, i discorsi di Ingrao e Craxi alla Camera dei deputati e le dichiarazioni del panorama politico fra cui Andreotti, Berlinguer, Cossiga, La Malfa. Viene intervistato Franco Bonisoli, ex BR, che nell'agguato di via Fani era parte del gruppo di fuoco travestito da aviere.

La seconda puntata delle tre dedicate al caso Moro racconta dei cinquantacinque tragici giorni di prigionia del presidente, fino al ritrovamento del corpo in Via Caetani il 9 maggio 1978. L'intervistato è proprio uno dei principali responsabili del rapimento, l'ex brigatista Mario Moretti, che aveva guidato il nucleo armato nell'agguato.

Ultima delle tre puntate incentrate sul caso Aldo Moro, con le interviste al membro di Prima Linea Mario Ferrandi, ad alcuni membri delle BR e a Benigno Zaccagnini, uno dei fondatori della Democrazia Cristiana.

La puntata è dedicata alla genesi e alla storia dell'organizzazione terroristica di estrema sinistra "Prima Linea", attiva nella seconda metà degli anni Settanta e responsabile di diversi omicidi, fra i quali quello del magistrato Emilio Alessandrini, ucciso a Milano nel 1979.

La cronistoria della notte della Repubblica è giunta alla fine degli anni '70: nei primi anni '80 si pente il primo membro delle Brigate Rosse, Patrizio Peci, che fornì informazioni al generale Dalla Chiesa contribuendo in misura fondamentale al ritrovamento del covo brigatista di Genova. Sergio Zavoli continua ripercorrendo il sequestro del magistrato Giovanni D'Urso, anch'esso rivendicato dalle BR.

Sergio Zavoli si occupa delle stragi di Bologna e del Rapido 904, due attentati dinamitardi avvenuti a distanza di quattro anni l'uno dall'altro. Il secondo è considerato l'inizio dell'epoca della guerra di mafia, con i maggiori responsabili individuati all'interno dell'organizzazione criminale Cosa Nostra. Il primo è, ad oggi, il più grave atto terroristico avvenuto in Italia nel secondo dopoguerra e vide la morte di 85 persone. Due dei principali responsabili della strage, Valerio Fioravanti e Francesca Mambro, membri dei Nuclei Armati Rivoluzionari, vengono intervistati in questa puntata.

La penultima puntata si occupa del declino e della sconfitta del terrorismo. Viene intervistato Patrizio Peci, primo pentito delle Brigate Rosse, insieme con Alfredo Buonavita e Alberto Franceschini.

Giulio Andreotti, allora presidente del Consiglio, e l'arcivescovo di Milano Carlo Maria Martini vengono intervistati da Zavoli in quest'ultima puntata de La notte della Repubblica, vertente sul dopo-terrorismo e sulla politica di "perdonismo" adottata per garantire un epilogo subitaneo di certe vicende.